r语言 - 如何修复此 C 代码/BLAS 错误

Question

我正在尝试编写一个c函数（稍后将在R脚本中使用），该函数使用R中的BLAS lib

#include <stdio.h>
#include <R.h>
#include <R_ext/BLAS.h>
void foo(int *dimension, double *vect1, double *vect2)
{
    const int dim = dimension[0];
    const int incxy = 1;
    //swaps two vectors
    F77_NAME(dswap)(&dim,vect1,&incxy,vect2,&incxy);
}

我使用以下方法编译代码：

R CMD SHLIB foo.c

我收到错误：

foo.o:foo.c:(.text+0x41): undefined reference to `dswap_'

我错过了什么？

Answer 1

包含头文件与链接库不同。

我实际上对 R 一无所知，但我做了一些搜索并找到了 http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-exts.html#Creating-shared-objects 表明您需要 BLAS_LIBS 变量 - 如果您不使用 makefile，看起来您可以获取命令"R CMD config BLAS_LIBS"的输出，然后将输出包含在命令行上。您也可以将其添加到PKG_LIBS变量中，但我对 R 的了解还不够多，无法确定。

编辑：

已设置文件 Makevars.win 以包含

PKG_LIBS=$(BLAS_LIBS) 
PKG_LIBS=$(LAPAK_LIBS)

这会将PKG_LIBS变量替换为 LAPAK_LIBS。尝试使用 += 而不是 =。

Answer 2

有设置文件Makevars.win将包括

PKG_LIBS=$(BLAS_LIBS) 
PKG_LIBS=$(LAPAK_LIBS)

但错误仍然存在。

宾果 ： 添加到

"R CMD SHLIB foo.c"

输出自

"R CMD config BLAS_LIBS"

如

"R CMD SHLIB foo.c -LC:/PROGRA~1/R/R-212~1.2/bin/i386 -lRblas"

现在它起作用了。

Answer 3

它需要链接到提供dswap函数的任何内容。 我猜那是在 R 库中。

Answer 4

它在这里工作（请忽略我的~/.R/Makevars选择特定的CC和CFLAGS;并且还忽略较小的空格编辑）：

edd@max:/tmp$ R CMD SHLIB foo.c
gcc-4.5 -I/usr/share/R/include -fpic -O3 -g0 -Wall -pipe -pedantic -std=gnu99 
        -c foo.c -o foo.o
gcc -shared -o foo.so foo.o -L/usr/lib64/R/lib -lR
edd@max:/tmp$ cat foo.c
#include <stdio.h>
#include <R.h>
#include <R_ext/BLAS.h>
void foo(int *dimension, double *vect1, double *vect2)
{
    const int dim = dimension[0];
    const int incxy = 1;
    //swaps two vectors
    F77_NAME(dswap)(&dim,vect1,&incxy,vect2,&incxy);
}
edd@max:/tmp$ 

Ubuntu 10.10，R，gcc等的库存软件包。 也许您的 R 是在静态库配置中本地构建的？