在 find -exec 中使用 zcat 和 sed

Question

我需要使用具有特定名称模式的几个gzip文件的内容创建一个大文本文件。为此，我使用了：

find . -name '*dna.toplevel.txt.gz' -exec zcat {} >> all.txt ;

而且效果很好。问题是，现在我需要动态编辑文本以将特定字符">"替换为">文件名|"。我已经设法煮熟了这个：

find . -name '*dna.toplevel.txt.gz' -exec zcat {} | sed 's/>/>{}|/g' >> all.txt ;

但是我收到以下错误：

• sed：无法读取;：没有这样的文件或目录
• 查找：缺少指向"-exec"的参数

我知道可怜的 bash 很困惑，因为我没有正确指定每个命令的结束位置，但我不知道如何正确完成。

Answer 1

-exec接受一个简单的命令及其参数;它根本不处理管道或重定向等shell结构。您的原始命令与

find . -name '*dna.toplevel.txt.gz' -exec zcat {} ; >> all.txt

因为 shell 会立即识别输出重定向，并在识别命令 （find ） 及其参数之前将其从命令行中删除。

由于sed需要 find 中的文件名作为其命令的一部分，因此您需要运行一个 shell，该 shell 通过 -c 选项将管道作为参数。

find . -name '*dna.toplevel.txt.gz' -exec 
  sh -c "zcat {} | sed 's/>/>{}|/g'" ; >> all.txt

这种方法存在一些问题;修复它们需要使sh命令更加复杂。如果您使用的是 bash 4 或更高版本，我建议您完全放弃find并使用 shell 循环以及** glob：

shopt -s globstar
for f in ./**/*dna.toplevel.txt.gz; do
    zcat "$f" | sed "s|>|>$f|g"
done >> all.txt

如果此命令正在创建all.txt ，您可以简单地使用 > 而不是 >> 。这也假设$f不包含任何|字符;如果是这样，则需要选择其他分隔符。

Answer 2

尝试在参数周围加上引号 （ " ） 以-exec .

find . -name '*dna.toplevel.txt.gz' -exec "zcat {} | sed 's/>/>{}|/g'" >> all.txt ;

您需要转义管道：

find . -name '*dna.toplevel.txt.gz' -exec zcat {} | sed 's/>/>{}|/g' >> all.txt ;