使用R Markdown样式文档(. rmd)作为Pweave的输入

Question

我试图通过Pweave运行一个基本的R Markdown文档(在代码块中调用python)。在Pweave文档中，它指出您可以使用样式```{python}声明代码块。但是，当我尝试使用(例如，pweave -f pandoc FIR_design.mdw)编译时，这些块不会运行，而是逐字放置。

文档中的所有示例都使用noweb语法，例如

<<fig = True, width = '12 cm', echo = False>>=
from pylab import *
plot(arange(10))
show()
@

相当于:

```{python, fig = True, width = '12 cm', echo = False}
from pylab import *
plot(arange(10))
show()
```

当我尝试使用markdown语法运行示例时，它只是逐字添加它们而不运行块。这是意料之中的吗?如果是这样，我应该如何转换我的.Rmd文档，使它们在Pweave中可运行。我必须将它们转换为noweb样式吗?

下面是文档示例文档FIR_design。以。rmd格式重写的mdw(例如):

• FIR_design。限制型心肌病

Answer 1

用pweave -i markdown <source>代替pweave -f pandoc <source>。

如果不提供输入格式，则从文件扩展名中推断。正如您在链接源中看到的那样，您的输入文件需要具有.md扩展名，以便它被自动检测为"Pandoc markdown"。格式化。

默认输出格式似乎与输入相同，或者与--format (-f)提供的格式相同。