我开始使用像HTMLParser这样的java包，我已经下载了它，发现里面有很多文件和目录。
我徘徊，将它们放在我的 Linux 系统中的什么位置？有公约或标准吗？
快速而肮脏的答案是"类路径上的任何位置"，其中类路径被设置为客户端计算机上的系统属性（不推荐），作为用于启动 JVM 的 CLI 会话的临时系统属性（可从启动脚本工作），或作为 JVM 的命令行参数（通常是首选）。
首先和第二个设置 CLASSPATH 环境变量，请参阅 JDK 或 JRE 文档以了解确切的语法以及操作系统和/或 shell 脚本文档。第三个使用 -cp 命令行变量到 Java 运行时和编译器，请参阅他们的文档以了解确切的语法。
将文件放在文件系统上的什么位置？出于开发目的，我通常在计算机上使用包含所有此类库的中央文件夹，并从我的 IDE 或其他开发环境中链接到该库。对于最终用户的部署/打包，传统上将"lib"子文件夹添加到包含所有可分发内容的产品文件夹中，并将 jar 文件放入其中。
Java包有两种形式。源代码 - 您提到的所有文件和目录 - 并打包为 jar。Java 项目中的一个常见约定是，项目有一个包含项目所依赖的所有 jar 的 lib 目录。这些项目通常使用一个 shell 脚本，该脚本在执行项目代码之前将所有 jar 添加到 Java 类路径中。
然而，许多项目正在从这种处理依赖关系的方法转向使用像Apache Maven这样的构建工具，它可以自动处理依赖关系管理。其他替代品包括常春藤或格拉德尔。有关介绍，请参阅 Maven 的 5 分钟介绍或 Maven 3 教程。
在这里，您编写一个pom.xml（项目对象模型文件），它指定项目使用哪些库（jar）。然后，Maven 将不同项目的所有 jar 存储在本地目录的 .m2 目录中，跟踪获取它们的位置及其版本控制信息。
这使得开发变得更加容易，因为您不需要创建 lib 目录或手动管理依赖项。您还可以避免设置类路径的许多复杂性，因为Maven在编译和测试等常见生命周期阶段会自动为您执行此操作。最新版本的 Eclipse 可以读取 Maven pom 并从中自动配置您的类路径。
构建项目后，Maven 还可以通过程序集插件或 Shade 插件帮助创建包含项目所依赖的所有 jar 的"胖罐子"。这使得在构建希望某人使用的可执行文件时更容易分发代码。如果你正在分发一个jar，那么你的pom.xml描述了你的项目的依赖关系，避免了分发它所依赖的jar的需要。
有关在 Linux系统上的一般布局文件，请参阅 Linux 文件系统层次结构标准。