Python 中的索引

Question

我正在寻找一个python/sklearn/lifelines/任何Harrell's c-index（一致性索引）的实现，这在随机生存森林中提到过。

C指数采用以下步骤计算：

1. 在数据上形成所有可能的个案对。
2. 省略那些生存时间较短的对被审查。如果Ti=Tj，省略对 i 和 j，除非至少有一个是死亡。让我们Permissible表示允许的对总数。
3. 对于 Ti 和 Tj 不相等的每个允许对，如果生存时间较短，则计数 1时间的预测结果更差;如果预测结果相同，则计数 0.5。对于每个允许的对，其中Ti=Tj和两个都是死亡，如果预测结果相同，则计数 1;否则，计数 0.5。对于每个允许的对其中Ti=Tj，但不是两者都是死亡，如果死亡有更差的预测结果;否则，计数 0.5。让索引表示所有允许对的总和。
4. C 指数 C 由 C=Concordance/Permissible 定义。

注意：nltk有一个具有不同含义的ConcordanceIndex方法:(

Answer 1

LifeLines软件包现在实现了这个c索引或一致性索引

Answer 2

LifeLine 包可以实现一致性索引。

pip install lifelines

或

conda install -c conda-forge lifelines

例：

from lifelines.utils import concordance_index
cph = CoxPHFitter().fit(df, 'T', 'E')
concordance_index(df['T'], -cph.predict_partial_hazard(df), df['E'])