在 PHP 中生成的大文件的索引问题

Question

我在检索大文件（> 7GB）的值时遇到问题。一旦我找到解决方案，主要使用 fgets （）。此类案例的示例：我的文件：

#CHROM  POS ID  REF ALT
1   8   rs392108184 T   G
4   91  rs122936913 G   T

我的代码：

<?php
    //(1)
    echo "(1)";
    $data = file_get_contents("data/ncbi/5.vcf");
    $data = explode("n", $data);
    echo '<pre>';
    print_r($data);
    echo '</pre>';
    //(2)
    echo "(2)";
    $handle = @fopen("data/ncbi/5.vcf", "r");
    if ($handle) {
        while (($buffer = fgets($handle, 4096)) !== false) {
            $buffer = explode("n", $buffer);
            echo '<pre>';
        print_r($buffer);
        echo '</pre>';
        }
        fclose($handle);
    }
?>

输出：

(1)
Array
(
    [0] => #CHROM   POS ID  REF ALT
    [1] => 1    8   rs392108184 T   G
    [2] => 4    91  rs122936913 G   T
)
(2)
Array
(
    [0] => #CHROM   POS ID  REF ALT
    [1] => 
)
Array
(
    [0] => 1    8   rs392108184 T   G
    [1] => 
)
Array
(
    [0] => 4    91  rs122936913 G   T
    [1] => 
)

如果我使用 （1），可以根据需要输出，但不能用于大文件。而如果我使用 （2），可以用于大文件，但输出不是我想要的，因为迭代不清楚。我想使用大文件，输出可能是这样的。

Array
    (
        [0] => #CHROM   POS ID  REF ALT
        [1] => 1    8   rs392108184 T   G
        [2] => 4    91  rs122936913 G   T
    )

有什么解决办法吗？

Answer 1

如果在尝试将整个文件加载到内存中时内存不足，请计算自己代码中的行数：

$linenum = 0;
while ($line = fgets($handle)) {
    echo "<pre>($linenum) => $line</pre><br>";
    $linenum++;
}