r-smacofSym的难度-多维缩放

Question

我有一个关于Smacof包中的smacofSym函数的问题。我使用的是R 3.1.0版到RStudio 0.98.501版。

我正在使用以下命令：

MDSdata <- smacofSym(DJaccardMatrix, ndim=2, metric=FALSE, verbose=TRUE).

我在下面包含了我正在使用的数据（DJaccardMatrix）的详细信息。每次运行smacofSym时，我都会得到一个配置，其中最终的配置就在彼此之上。以下是结果示例：

MDSdata$conf
         D1          D2
1    0.06259624 -0.01494732
2    0.06276541 -0.01480409
3    0.06266933 -0.01492375
4    0.06262438 -0.01496111
5    0.06243336 -0.01496193
6    0.06258047 -0.01502270
7    0.06247747 -0.01500037 .......

为了检查结果，我在XLStat上运行了相同的矩阵，得到了我所期望的，一组分布更广的点。在查看了其他一些帮助请求后，我尝试将smacofSym同时作为矩阵和dist运行，但两者都没有影响结果。

以下是我关于DJaccardMatrix作为矩阵的信息：

num [1:121, 1:121] 0 0.969 0.679 0.704 0.939 ...
attr(*, "dimnames")=List of 2 
..$ : chr [1:121] "1" "2" "3" "4" ...
..$ : chr [1:121] "1" "2" "3" "4" ...

以下是我关于DJaccardMatrix作为dist对象的信息：

Class 'dist'  atomic [1:7260] 0.969 0.679 0.704 0.939 0.8 ...
  ..- attr(*, "Size")= int 121
  ..- attr(*, "call")= language as.dist.default(m = dissmat)
  ..- attr(*, "Diag")= logi FALSE
  ..- attr(*, "Upper")= logi FALSE

我感谢大家的推荐。我认为这是一个非常基本的东西，但我肯定找不到

这个答案与末尾括号中的附带问题有关："smacof报告的非测量应力和Kruskal应力之间的关系是什么"

Kruskal应力（或stress-1）是smacof报告的非度量应力（stress.nm）的平方根。

因此，如果您有一个通过运行smacofSym:获得的名为mod的模型

Stress-1 = mod$stress.nm^.5