r-如何在DESCRIPTION中自动添加/更新Depends/Imports/Suggests版本

Question

我喜欢让我的R包保持最新，在开发我自己的包时，我想坚持@Hadley的建议：

一般来说，最好指定版本，并对需要的版本保持保守。除非您另有说明，否则始终需要大于或等于您当前使用的版本。

所以，我需要DESCRIPTION:中的一些

Imports:
 knitr (>= 1.13),
 rmarkdown (>= 1.0)

是否有现有的工具可以根据我当前安装的包以编程方式更新依赖项的版本

我知道这是一件小事，我可以手动完成，但我只知道这是那种很容易被遗忘的事情。

使用本地安装的包版本作为最小依赖项似乎也是有意义的，因为我使用这些依赖项进行了测试/构建。

我不应该这么做有什么原因吗？

Answer 1

另一个选项是usethis包，尽管这实际上会立即覆盖描述文件，所以不确定这是否总是所需的

# use overwrite = TRUE to update dependencies with version numbers
usethis::use_latest_dependencies(overwrite = TRUE, source = "CRAN")

Answer 2

这将按照您的要求执行（好吧，您仍然需要将输出剪切/粘贴到DESCRIPTION:-中）

#' Add curent version string to package dependencies
#'
#' Will code{cat} out a cut/paste-able set of fields for a
#' code{DESCRIPTION} file with minimum required versions for
#' each package based upon currently available package vesions
#' in CRAN.
#'
#' @param pkg package description, can be path or package name
#' @param fields fields to get & report dependencies for
#' @note R and the R version is NOT added to code{Depends}
#' @examples
#' add_pkg_versions("qmethod")
#' add_pkg_versions("MASS")
#' dontrun { # assumes you're in a pkg devel dir
#' add_pkg_versions()
#' }
add_pkg_versions <- function(pkg=".",
                             fields=c("Depends", "Imports", "LinkingTo", "Suggests")) {
  require(purrr)
  walk(c("dplyr", "tools", "stringi", "devtools"), require, character.only=TRUE)
  stopifnot(is_scalar_character(pkg), pkg != "")
  fields <- match.arg(fields, c("Depends", "Imports", "LinkingTo", "Suggests"),
                      several.ok=TRUE)
  avail <- as_data_frame(available.packages())
  if (pkg == ".") {
    pkg_deps <- unclass(as_data_frame(read.dcf(file.path(package_file(), "DESCRIPTION"))))
    pkg <- pkg_deps$Package
    map(fields, ~stri_split_lines(pkg_deps[[.]])) %>%
      map(function(x) {
        if (length(x) > 0) {
          unlist(x) %>%
            stri_replace_all_regex(" \(.*$|,", "") %>%
            discard(`%in%`, c("", "R"))
        } else { x }
      }) -> pkg_deps
    names(pkg_deps) <- fields
  } else {
    pkg_deps <- map(fields, ~flatten_chr((package_dependencies(pkg,  which=.))))
    names(pkg_deps) <- fields
  }
  pkg_deps <- discard(pkg_deps, function(x) {length(x)==0})
  map(pkg_deps, function(x) {
    non_base <- filter(avail, Package %in% x)
    base <- setdiff(x, non_base$Package)
    non_base %>%
      mutate(pv=sprintf("%s (>= %s)", Package, Version)) %>%
      select(pv) %>%
      flatten_chr() -> pkg_plus_version
    sort(c(pkg_plus_version, base))
  }) -> pkg_deps
  cat("Package: ", pkg, "n", sep="")
  walk(names(pkg_deps), function(x) {
    cat(x, ":n", sep="")
    sprintf("    %s", pkg_deps[[x]]) %>%
      paste0(collapse=",n") %>%
      cat()
    cat("n")
  })
}

您的套餐之一：

add_pkg_versions("qmethod")
Package: qmethod
Imports:
    digest (>= 0.6.10),
    GPArotation (>= 2014.11-1),
    knitr (>= 1.13),
    methods,
    psych (>= 1.6.6),
    tools,
    xtable (>= 1.8-2)

只是为了显示边缘案例得到了处理：

add_pkg_versions("MASS")
Package: MASS
Depends:
    graphics,
    grDevices,
    stats,
    utils
Imports:
    methods
Suggests:
    lattice (>= 0.20-33),
    nlme (>= 3.1-128),
    nnet (>= 7.3-12),
    survival (>= 2.39-5)