没有显示forceNetwork，没有返回任何代码错误

Question

我正在创建一个networkD3 forceNetwork()，但是当我在RStudio中清除了我的env变量后，当我第二次运行代码时，网络不会显示在我的浏览器中。知道为什么吗?没有代码错误。Var输出如下:

library(networkD3)
library(igraph)
setwd("C:\Users\King\Desktop\SNA_Rcode")
csv<-read.csv("C:\Users\King\Desktop\Analysis\mc_with_0_and_MI.csv")
df<-data.frame(csv$stat.deaths,csv[,4],csv$stat.mob)#damage delt on deaths, mob kills (is color)
#2 mode. interactive model
#g1 <- simpleNetwork(df) ; htmltools::html_print(g1, viewer = utils::browseURL)#DISPLAYS CORRECTLY
df <- df[!duplicated(df[,2]),]
df[,2] <- paste("", df[,2], sep="")
#setup
g <- graph.data.frame(df,directed=F)
links<-as.data.frame(get.edgelist(g)) #set name to number so calculate link correctly
links$V1<-as.numeric(as.character(links$V1))
links$V2<-as.numeric(as.character(links$V2))
colnames(links)<-c("source","target")
link_list<-(links-1)
#######################DOESNT WORK LIKE EXPECTED......replaces NA with 2 instead of 999
color_groups<-df[,3]# color based on mob kills
color_groups <- ifelse(as.numeric(color_groups) < 10, 1, 
                       ifelse(as.numeric(color_groups) >= 30, 3, 2))
color_groups[is.na(color_groups)]<-999 #replace NA with 999
names<-0:(length(color_groups)-1)
node_list <- data.frame(name=names, group=color_groups)
profanity<-forceNetwork(Links = link_list, Nodes = node_list,Source = "source", Target = "target", NodeID = "name",Group = "group", opacity = 0.8, colourScale = "d3.scale.category10()",charge=-100)
htmltools::html_print(profanity, viewer = utils::browseURL)

在运行以上所有代码后(使用明确的env):

    > head(link_list,20)
       source target
    1       6   1169
    2       1    839
    3       1   2594
    4       7   5409
    5      11   2719
    6       5   1719
    7       7    179
    8       2   1989
    9       4   3444
    10      0   2249
    11      1   1964
    12      0   3344
    13      6   4479
    14      6   2224
    15      7   3869
    16      5   2459
    17      3   1704
    18     -1   2479
    19      5   3494
    20      4   1869
> head(node_list,20)
   name group
1     0     2
2     1     1
3     2     2
4     3     3
5     4     1
6     5     2
7     6     1
8     7     2
9     8     2
10    9     2
11   10     1
12   11     2
13   12     2
14   13     2
15   14     2
16   15     2
17   16     2
18   17     2
19   18     2
20   19     2

Answer 1

我需要设置顶点的名称:

V(g)$name<-1:104

初始化后的图形(g)

Answer 2

您的link_list$source和link_list$target向量似乎包括不在您的node_list中的索引，例如-1和2249…或者这些向量中的值不是它们应该是什么…

Links数据帧中的source和target向量必须是数字，它们的值引用它们所代表的Nodes数据帧中的节点索引(零索引，不像R，因为它被JavaScript代码使用)。

Answer 3

我有同样的问题，其中forceNetwork运行良好，没有问题，但在我的情况下发现了不同的原因-
我的Links数据框已经被过滤，它的id是不再连续的。例如，0, 1, 2, 3, 10, 11, 12 的ID列表将不工作。必须是0, 1, 2, 3, 4, 5, 6