Visual Studio中内置的"从数据库更新模型"向导正是这样做的；它将替换模型的整个SSDL部分，覆盖您所做的任何自定义。
我遵循这里的指示：
http://social.msdn.microsoft.com/forums/en-US/adodotnetentityframework/thread/0ce70e04-0ba0-4819-8898-87243203adb9/
以支持映射到其中使用CROSS APPLY UDF的视图（基本上EF不能确定PK，所以当我试图将其添加到模型中时，它会对其进行注释）。
按照链接中的指示操作后，我可以成功地映射到视图并对其进行查询……但一旦我尝试U pdate Model from Database对架构进行新的更改，它就会删除我根据链接中的说明所做的修改（我在向导屏幕中看到它说要删除这些实体）。
请告诉我它不应该这样工作。。。。
简单的解决方法是为所有手动定义的实体单独使用EDMX。从数据库更新总是删除EDMX的SSDL部分（定义视图的位置）。
编辑：
另一种方法是修改视图代码，使其包含不可为null的（应该是唯一的，或者可能会出现其他问题）列——它应该自动推断为键。无论如何，强烈建议使用密钥的唯一性。
有一些第三方工具允许您对模型进行选择性更新，保留您可能对模型的其他部分进行的自定义，并允许您选择要在图层之间传播的更改。我的公司为Visual Studio制作了一个外接程序，为EF4设计器添加了该功能（以及一系列其他有用的功能）。这是一个介绍视频，展示了一些基本的同步功能：http://huagati.blogspot.com/2010/07/introducing-model-comparer-for-entity.html