特定于使用r2.15.2的limma的错误消息

Question

我最近更新了R，以前使用limma包编写的代码现在返回一个错误。

代码

classes = c(rep('Phenotype1',), rep('Phenotype 2',))
classes= as.factor(classes)
design=model.matrix(~classes-1)
colnames(design)=levels(classes) 
fit1= lmFit(exset, design)
cm=makeContrasts(Phenotype 1 - Phenotype 2, levels=design)
fit2= contrasts.fit(fit1,cm) 
fit3= eBayes(fit2)

对于新版本的R，下面的命令

fit2= contrasts.fit(fit1,cm)

返回错误信息…

Error in .Call("La_chol", as.matrix(x), PACKAGE = "base") : 
Incorrect number of arguments (1), expecting 2 for 'La_chol'

Answer 1

limma是来自BioConductor项目的一个包，每个版本的R都有一个相关的BioConductor版本。如果你更新了R而没有更新你的BioConductor包(包括limma)，可能会有一些不兼容。你确定你用的是最新版的limma和BioConductor吗?