Perl序列提取循环

Question

我有一个现有的perl单行程序(来自Edwards实验室)，它可以很好地读取包含一个列ID的文本文件(名为ids.file)，并搜索第二个特殊格式的文本文件(在本例中名为fasta.file -对于那些了解生物信息学的人来说是"fasta"格式)，并返回与第一个文件的ID匹配的序列。我希望扩展这个脚本来做两个额外的事情:

1. 如果ids.file包含一列数据，当前perl一行代码仅似乎可以工作。我想它的工作在一个文件，包含两列(由空格分隔)，并对数据的第二列(好吧，真的任何列的数据，但我认为这将是明显的足以适应它，如果有人可以给出一个例子，使用第二列)
2. 我想从搜索的输出返回的任何结果追加到第三列，而不是仅仅到一个新的文件。

如果有人好心地提供了一个示例，但只有时间或倾向于处理其中一个，我更希望您尝试解决第2个问题-我已经接近解决第1个问题，使用awk只在第二列上使用Perl代码的for循环-我还没有得到它，但很接近，所以第2个问题对我来说似乎更难。

perl一行如下:

perl -ne 'if(/^>(S+)/){$c=$i{$1}}$c?print:chomp;$i{$_}=1 if @ARGV' ids.file fasta.file

我很感激你能给予的任何帮助!

Answer 1

不太确定，但这可以吗?

perl -ne 'chomp; s/^>(S+).*/$c=$i{$1}/e; print if $c; 
    $i{(/^S*s(S*)$/)[0]}="$_ " if @ARGV' 
  ids.file fasta.file