r语言 - force网络不显示任何边

Question

我试图找出forceNetwork()中节点和链接数据框架的确切要求，因为我的网络显示彩色可移动点，没有任何边缘连接它们，我不知道为什么。据我所知，这些要求是:

节点数据帧必须有:

一个nodeID列(如果节点与链接的顺序不同)，它与链接源名称完全匹配。如果它们的顺序相同，则可以根据我对文档的阅读删除此参数。

指定节点所属组的组变量。不同的组用不同的颜色来区分。

链接数据帧必须有:

源列(将与目标连接的节点列表)

目标列

一个值列，指定在节点之间绘制的线的权重

> head(links)
  source target value
1  11170      7     1
2   2840      2     1
3  32595      2     1
4  45410      8     1
5  52720     12     1
6  61720      6     1
> head(nodes)
  nodeID group
1  11170     2
2   2840     1
3  32595     2
4  45410     3
5  52720     1
6  61720     2
> head(E(g))
Edge sequence:
[1] 7     -- 11170
[2] 2     -- 2840 
[3] 2     -- 32595
[4] 8     -- 45410
[5] 12    -- 52720
[6] 6     -- 61720
> head(V(g))
Vertex sequence:
[1] "11170" "2840"  "32595" "45410" "52720" "61720"
> typeof(nodes$nodeID[1])
[1] "integer"
> typeof(links$source[1])
[1] "integer"
> dim(links)
[1] 121   3
> dim(nodes)
[1] 135   2
> forceNetwork(Links = links, Nodes = nodes,Source = "source", Target = "target", NodeID = "nodeID",Group = "group", opacity = 0.8, colourScale = "d3.scale.category10()")

Answer 1

Links数据帧中的source 和 target向量必须是数字，它们的值指的是它们所代表的Nodes数据帧中节点的索引(零索引，不像R，因为它被JavaScript代码使用)。

Nodes数据帧的nodeID向量给出了每个节点的名称(字符或数字)，当您将鼠标悬停在结果可视化中的节点上时，将显示该名称。

给定您的示例数据，我怀疑您在links$source中拥有的数据意味着节点的ID，而您在links$target中拥有的数据是其他东西。虽然它们都是数值向量，但这些值并不表示它们在Nodes数据帧中所引用的节点的索引。

如果你在links$source和links$target向量中有节点名称/id，而不是在Nodes数据框架中节点的索引，你可以像这样修复它…

links <- read.table(header = T, text = "
source target value
11170      7     1
2840       2     1
32595      2     1
45410      8     1
52720     12     1
61720      6     1
")
nodes <- read.table(header = T, text = "
nodeID group
11170     2
2840      1
32595     2
45410     3
52720     1
61720     2
")
# build a new Nodes data frame that includes every 
# unique node found in links$source and links$target
nodes_complete <- data.frame(nodeID = unique(c(links$source, links$target)))
# add groups already identified in your original Nodes data frame
nodes_complete$group <- nodes$group[match(nodes_complete$nodeID, nodes$nodeID)]
# convert your links$source and links$target nodes to their index
# in the new Nodes data frame (zero-indexed)
links$source <- match(links$source, nodes_complete$nodeID) - 1
links$target <- match(links$target, nodes_complete$nodeID) - 1
# now the forceNetwork function will run as expected
library(networkD3)
forceNetwork(Links = links, Nodes = nodes_complete, Source = "source", 
             Target = "target", NodeID = "nodeID", Group = "group", 
             opacity = 0.8, 
             colourScale = "d3.scaleOrdinal(d3.schemeCategory10);")