将数据插入BerkeleyDB JE的速度越来越慢

Question

我正试图在berkeleydb JE中插入约56249000个项目。我运行DbCacheSize来获取有关我的数据库的一些统计信息：

java -jar je-5.0.34.jar  DbCacheSize -records 56248699 -key 8 -data 20 
=== Environment Cache Overhead ===
3,155,957 minimum bytes
To account for JE daemon operation and record locks,
a significantly larger amount is needed in practice.
=== Database Cache Size ===
 Minimum Bytes    Maximum Bytes   Description
---------------  ---------------  -----------
  1,287,110,736    1,614,375,504  Internal nodes only
  4,330,861,264    4,658,126,032  Internal nodes and leaf nodes
=== Internal Node Usage by Btree Level ===
 Minimum Bytes    Maximum Bytes      Nodes    Level
---------------  ---------------  ----------  -----
  1,269,072,064    1,592,660,160     632,008    1
     17,837,712       21,473,424       7,101    2
        198,448          238,896          79    3
          2,512            3,024           1    4

两年前我问过这个问题优化BerkeleyDB JE数据库，但我仍然不确定我应该如何根据这些统计数据配置我的环境？

当数据被加载时，我将是唯一有权访问数据库的用户：我应该使用事务吗？

我的env当前打开如下：

EnvironmentConfig cfg=(...)
cfg.setTransactional(true);
cfg.setAllowCreate(true);
cfg.setReadOnly(false);
cfg.setCachePercent(80);
cfg.setConfigParam(EnvironmentConfig.LOG_FILE_MAX,"250000000");

数据库：

cfg.setAllowCreate(true);
cfg.setTransactional(true);
cfg.setReadOnly(false);

我以以下方式阅读/插入项目：

Transaction txn= env.beginTransaction(null, null);
//open db with transaction 'txn'
Database db=env.open(...txn)
Transaction txn2=this.getEnvironment().beginTransaction(null, null);
long record_id=0L;
while((item=readNextItem(input))!=null)
    {
    (...)
    ++record_id;
    db.put(...); //insert record_id/item into db
    /** every 100000 items commit and create a new transaction.
       I found it was the only way to avoid an outOfMemory exception */
    if(record_id%100000==0)
        {
        txn2.commit();
        System.gc();
        txn2=this.getEnvironment().beginTransaction(null, null);
        }
    }
txn2.commit();
txn.commit();

但事情越来越慢。我从eclipse运行了这个程序，没有为JVM设置任何内容。

100000 / 56248699 ( 0.2 %).  13694.9 records/seconds.  Time remaining:68.3 m Disk Usage: 23.4 Mb. Expect Disk Usage: 12.8 Gb Free Memory : 318.5 Mb.
200000 / 56248699 ( 0.4 %).  16680.6 records/seconds.  Time remaining:56.0 m Disk Usage: 49.5 Mb. Expect Disk Usage: 13.6 Gb Free Memory : 338.3 Mb.
(...)
6600000 / 56248699 (11.7 %).  9658.2 records/seconds.  Time remaining:85.7 m Disk Usage: 2.9 Gb. Expect Disk Usage: 24.6 Gb Free Memory : 165.0 Mb.
6700000 / 56248699 (11.9 %).  9474.5 records/seconds.  Time remaining:87.2 m Disk Usage: 2.9 Gb. Expect Disk Usage: 24.7 Gb Free Memory : 164.8 Mb.
6800000 / 56248699 (12.1 %).  9322.6 records/seconds.  Time remaining:88.4 m Disk Usage: 3.0 Gb. Expect Disk Usage: 24.8 Gb Free Memory : 164.8 Mb.
(Ctrl-C... abort...)

我怎样才能让事情更快？

更新：

MemTotal:        4021708 kB
MemFree:          253580 kB
Buffers:           89360 kB
Cached:          1389272 kB
SwapCached:           56 kB
Active:          2228712 kB
Inactive:        1449096 kB
Active(anon):    1793592 kB
Inactive(anon):   596852 kB
Active(file):     435120 kB
Inactive(file):   852244 kB
Unevictable:           0 kB
Mlocked:               0 kB
HighTotal:       3174028 kB
HighFree:          57412 kB
LowTotal:         847680 kB
LowFree:          196168 kB
SwapTotal:       4085756 kB
SwapFree:        4068224 kB
Dirty:             16320 kB
Writeback:             0 kB
AnonPages:       2199056 kB
Mapped:           111280 kB
Shmem:            191272 kB
Slab:              58664 kB
SReclaimable:      41448 kB
SUnreclaim:        17216 kB
KernelStack:        3792 kB
PageTables:        11328 kB
NFS_Unstable:          0 kB
Bounce:                0 kB
WritebackTmp:          0 kB
CommitLimit:     6096608 kB
Committed_AS:    5069728 kB
VmallocTotal:     122880 kB
VmallocUsed:       18476 kB
VmallocChunk:      81572 kB
HardwareCorrupted:     0 kB
AnonHugePages:         0 kB
HugePages_Total:       0
HugePages_Free:        0
HugePages_Rsvd:        0
HugePages_Surp:        0
Hugepagesize:       2048 kB
DirectMap4k:       10232 kB
DirectMap2M:      903168 kB

更新2:

Max. Heap Size (Estimated): 872.94M
Ergonomics Machine Class: server
Using VM: Java HotSpot(TM) Server VM

更新3:

根据杰文的建议，我得到了以下性能：

    (...)
    6800000 / 56248699 (12.1 %).  13144.8 records/seconds.  Time remaining:62.7 m Disk Usage: 1.8 Gb. Expect Disk Usage: 14.6 Gb Free Memory : 95.5 Mb.
    (...)

对比我之前的结果：

6800000 / 56248699 (12.1 %).  9322.6 records/seconds.  Time remaining:88.4 m Disk Usage: 3.0 Gb. Expect Disk Usage: 24.8 Gb Free Memory : 164.8 Mb.

Answer 1

首先，我要删除对System.gc((的显式调用；如果您注意到这有助于提高性能，请考虑使用不同的GC算法。例如，当bdb/je缓存使用率始终接近可用堆的70%时，G1GC的性能会更好。

其次，在某个时刻，B+索引更新将是nlogn性能，并将减少插入时间。

不使用交易会更快。特别是，如果导入失败，您可以从头开始重新启动导入。

只需记住在最后执行environment.sync((和检查点即可。在执行此导入时，您可能希望禁用BDB/je检查点和BDB/jeGC线程。

config.setConfigParam(EnvironmentConfig.ENV_RUN_CLEANER,  "false");
config.setConfigParam(EnvironmentConfig.ENV_RUN_CHECKPOINTER, "false);
config.setConfigParam(EnvironmentConfig.ENV_RUN_IN_COMPRESSOR, "false");

加载后，您应该调用这样的方法。

public void checkpointAndSync()
    throws ObjectStoreException
{
            env.sync();
    CheckpointConfig force = new CheckpointConfig();
    force.setForce(true);
    try
    {
        env.checkpoint(force);
    } catch (DatabaseException e)
    {
        log.error("Can not chekpoint db " + path.getAbsolutePath(), e);
        throw new ObjectStoreException(e);
    }
}

您可能会考虑，也打开密钥重新加密。

对于其余部分，您的内部节点缓存大小应至少为1.6 GB，这意味着一开始要有一个大于2GB的堆。

您也可以考虑合并记录。例如，如果键自然递增，则可以在一个键下存储16个值。但如果你认为这是一个有趣的方法，你可以从增加B树扇出设置开始。