R gplots 热图.2 - 键在使用中断参数时不稳定(警告：未排序的"中断"将在使用前排序)

Question

我正在用r中gplots包中的heatmap.2函数可视化一个数据集。基本上，我正在对原始数据执行分层聚类分析，同时强制热图显示数据的有限版本(-3和+3之间)，以限制异常值对热图外观的影响，同时仍然保留原始聚类。当我使用完整的数据集(fullmousedatamat)时，它工作得很好。然而，当我使用部分数据集(partialmousedatamat)，并希望使用与完整数据集相同的键来绘制它时，几个颜色从键中掉了出来，我不知道为什么。

以下是包含相关数据集和分析的要点:

https://gist.github.com/jeffbruce/7412f567ac57fe1721a3

注意中间白色两边的第四个颜色是如何被去掉的。我觉得这可能是个bug。我得到以下警告消息，我不确定如何解释:

Warning message:
In image.default(z = matrix(z, ncol = 1), col = col, breaks = tmpbreaks,  :
  unsorted 'breaks' will be sorted before use

谢谢你的帮助!

Answer 1

我遇到了同样的问题，我不得不通过heatmap.2的代码来解决它。

事实证明，默认的symkey=T在breaks的两端添加了数据的极值，使其未排序:

tmpbreaks <- breaks
  if (symkey) {
    max.raw <- max(abs(c(x, breaks)), na.rm = TRUE)
    min.raw <- -max.raw
    tmpbreaks[1] <- -max(abs(x), na.rm = TRUE)
    tmpbreaks[length(tmpbreaks)] <- max(abs(x), na.rm = TRUE)
  }

因此，解决这个问题的简单方法是添加symkey=F，如果您提供自己的break