如何将一个函数(具体来说，是一个文件)的结果正确地传递给另一个函数

Question

我是初学者。我用下面的伪代码写了一个Python程序:

1. 定义Function1。

。这个函数需要一个大的单fasta文件(基因组)，并将其分成几个片段。

b。这些片段被写入一个多快速输出文件(如下所示)。

定义Function2。

。这个函数读取multi-fasta文件

中的行。

b。将fasta id后跟fasta条目的长度写入输出文件。

大部分代码:

from Bio import SeqIO
import io
def metagenome_simulator(genome_fasta, out_file):
    outfile = open(out_file, "a+b")
    fasta = SeqIO.parse(open(genome_fasta, "rU"), "fasta")
         #does the split, blah, blah - I know this function works on its own already
    len_file.close()
    fasta.close()
    return outfile
def contig_len_calculator(fasta, out_file):
    outfile = io.open(out_file, "wb")
    fhandle = io.open(fasta, "a+b")
    outfile.write("contig_id" + "t" + "contig_length" + "n")
    for entry in SeqIO.parse(fhandle, "fasta"):
        #calculates lengths, blah, blah - i know this works independently too
     outfile.close()
     fhandle.close()
     return
def main():
    output = metagenome_simulator(sys.argv[1], sys.argv[2])
    print(output)
    contig_len_calculator(output, sys.argv[3])
 main()

我的命令(bash shell)是:

./this_script.py genome_fasta_file split_fasta_out_file final_output_file.

输出将是两个独立的文件，分别对应程序中的每个函数。第一个是分割fasta:

>split_1
ATCG....
>split_2
ATCG....
.
.
.

第二个是长度文件:

>split_1    300
>split_2    550
.
.
.

这不起作用。它运行function1很好，并使split_fasta_output文件，但随后返回:

<open file 'out_file', mode 'a+b' at 0x7f54b8454d20>
Traceback (most recent call last):
File "./this_script.py", line 62, in <module>
main()
File "./this_script.py", line 60, in main
contig_len_calculator(output, sys.argv[3])
File "./this_script.py", line 47, in contig_len_calculator
fhandle = io.open(fasta, "a+b")
TypeError: invalid file: <open file 'out_file', mode 'a+b' at 0x7f54b8454d20>

我不知道为什么它不工作。所以我的问题是:我如何正确地将一个函数中创建的文件传递给另一个函数?

编辑:把整个追溯错误。

Answer 1

问题是metagenome_simulator返回一个文件描述符，然后您尝试将其传递给io.open。io.open可以是一个整数文件描述符(some_fd.fileno())，也可以是一个路径。简单的解决方案是返回输出文件的路径，而不是输出文件本身。

def metagenome_simulator(genome_fasta, out_file):
    ...  # your code as-written
    return out_file

但是如果你愿意，你可以这样做:

def metagenome_simulator(genome_fasta, out_file):
    # completely as-written, including
    return outfile
def contig_len_calculator(fasta, out_file):
    outfile = io.open(out_file, "wb")
    fhandle = io.open(fasta.fileno(), "a+b")
    ...

第一种方法的优点是它使contig_len_calculator的out_file和fasta参数具有相同的类型，这看起来是一致的。

Answer 2

open函数接受一个文件名并返回一个文件对象。metagenome_simulator返回一个文件对象。您将其作为fasta传递，然后在其上使用open。但是你不需要打开它，因为它已经是一个打开的文件，而不仅仅是一个文件名。