如何使用rpy2从python中获取n-dim数组

Question

我想用python进行一些计算，并将数组数据放入r中得到一些图。

对于1-dim数组，我可以使用FloatVector来得到正确的答案，但n-dim数组错误

(运行以下代码)

(2-dim数组)import numpy as np from rpy2.robjects.vectors import FloatVector x = np.array([[1, 2], [3, 4]]) X = FloatVector(x)

错误信息:

`Traceback (most recent call last):
 File "<stdin>", line 1, in <module>
 File "D:ProgramAnaconda3libsite-packagesrpy2robjectsvectors.py",   line 456, in __init__
 obj = FloatSexpVector(obj)
 ValueError: Error while trying to convert element 0 to a double.`

使用numpy2ri可能会在某些绘图顺序(如ggplot2)中出错

我想用spyder来做这些

Answer 1

转换机制可以成为您的朋友:

from rpy2.robjects.conversion import localconverter
from rpy2.robjects import numpy2ri
with localconverter(numpy2ri.converter) as cv:
    X = cv.py2ro(x) # convert from *py*thon to *ro*bjects

否则，这是因为rpy2正在尝试遍历序列x(不与numpy交互的默认行为)请求)并使每个元素通过迭代成为R/rpy2对象。这里它不起作用，因为x[i]变成了FloatVector，你不能有FloatVector元素的FloatVector(你可以有一个FloatVector列表)。显式地，这就是正在发生的事情(您将触发相同的错误):

FloatVector([FloatVector(y) for y in x])