r语言 - doMPI 错误:系统中没有足够的可用插槽来满足应用程序请求的 2 个插槽

Question

我正在尝试让 doMPI 包在我的本地机器上运行，以便我可以在将作业提交到集群之前对其进行测试。我正在使用Mac OSX Yosemite，并通过brew安装了开放的mpi 2.0.2。

mpirun -V

mpirun (Open MPI) 2.0.2

向 http://www.open-mpi.org/community/help/报告错误

我已经阅读了doMPI的介绍，我正在尝试执行演示中的示例

mpirun -H localhost R --slave -f sincMPI.R

不幸的是，我不断收到以下错误。我用谷歌搜索过，但似乎无法弄清楚可能出了什么问题。

> Loading required package: foreach Loading required package: iterators
> Loading required package: Rmpi
> --------------------------------------------------------------------------
> There are not enough slots available in the system to satisfy the 2
> slots that were requested by the application:  
> /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/Rscript
> 
> Either request fewer slots for your application, or make more slots
> available for use.
> --------------------------------------------------------------------------
> Error in mpi.comm.spawn(slave = rscript, slavearg = args, nslaves =
> count,  :    MPI_ERR_SPAWN: could not spawn processes Calls:
> startMPIcluster -> mpi.comm.spawn -> .Call Execution halted
> ------------------------------------------------------- 
> Primary job  terminated normally, but 1 process returned a non-zero exit code.. 
>Per user-direction, the job has been aborted.
> -------------------------------------------------------
> --------------------------------------------------------------------------
> mpirun detected that one or more processes exited with non-zero
> status, thus causing the job to be terminated. The first process to do
> so was:
> 
>   Process name: [[27630,1],0]   Exit code:    1

已编辑：基于以下答案的测试结果

按指定工作：

mpirun -H localhost,localhost,localhost R --slave -f sincMPI.R

我从startMPIcluster()中取出了count=2，它也起作用了。

startMPIcluster() #in sincMPI.R 
mpirun -H localhost,localhost,localhost R --slave -f sincMPI.R

如果去掉 count=2，则可以改变 mpi 运行中的主机数量。在这里，我指定四个主机。

startMPIcluster() #in sincMPI.R 
mpirun -H localhost,localhost,localhost,localhost R --slave -f sincMPI.R

您甚至可以使用此方法指定超过可用内核数的内核数。我有 8 个(逻辑)内核，但我可以指定 9 个主机并运行。

mpirun -H localhost,localhost,localhost,localhost,localhost,localhost,localhost,localhost,localhost R --slave -f sincMPI.R

但是，您不能将 count=9 放入 startMPIcluster() 中

startMPIcluster(count=9)  
Error in startMPIcluster(count = 9) :    
count must be either unspecified, or set to 8 
Execution halted

那么，也许在 mac 上测试 mpi 的最佳方法是不在 startMPIcluster 中设置计数，并使用 -H 来控制任务数量？

Answer 1

通过使用mpirun-H localhost选项，MPI 域大小只有一个，这会导致mpi.comm.spawn在示例调用startMPIcluster时失败。如果你使用-H localhost,localhost,localhost，宇宙大小将是三，这个例子应该有效。

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更新

请注意，我仅在单台计算机上以交互方式执行时(即不使用 mpirun 时)使用 count 参数调用startMPIcluster。使用 mpirun 执行 doMPI 脚本时，我发现通过 mpirun 控制工作线程数量更容易。