只能在OSX上导入rpy2中的一些包,其他包则出现SIGSEGV错误



我最近从Windows切换到了OSX。我有一些使用rpy2的脚本,我一直无法在OSX上使用,我不知道如何进一步进行故障排除。我见过其他几个类似的问题都有相同的分段错误,但大多数问题都没有得到公认的答案。

我使用Anaconda(从技术上讲,miniconda)作为包管理器,并安装了R 3.3.2。我使用的rpy2版本是2.8.5。我已经安装了Python(2.7.13),与Python站点的下载是分开的,所以它与miniconda版本是分开的

我使用PyCharm作为我的IDE,我不能100%确定正在使用正确的python可执行文件(我已经阅读过不要使用预装的mac),但我的python控制台显示"Continuum Analytics",所以我认为这不是问题所在。我已经将我的解释器配置为使用我为项目设置的conda环境中的二进制文件。

以下是重新创建错误的最小代码量。。。

这些都可以毫无问题地工作:

import rpy2
import rpy2.rinterface
import rpy2.rlike

所有这些都抛出了一个错误:

import rpy2.robjects
import rpy2.interactive
import rpy2.ipython
Process finished with exit code 139 (interrupted by signal 11: SIGSEGV)

听起来像是安装问题。尝试使用安装rpy2

pip install rpy2

我在conda环境中更改了R_HOME,它做到了:

export R_HOME=/Users/<username>/anaconda3/envs/<env>/lib/R

相关内容

最新更新