Scipy错误:numpy.dtype大小已更改，可能表示二进制不兼容(以及相关的奇怪行为)

Question

我正在OS X 10.9.4上安装numpy/scpy/scikit-learn，并收到关于"numpy.dtype大小已更改，可能表示二进制不兼容"的错误。

以下是我为构建回购所做的：

mkvirtualenv thm
workon thm
pip install numpy scipy pandas ipython # and some other stuff
cd /path/to/our/repo
# run tests

以下是一个相关警告的回溯摘录（由于我们在测试开始时使用了warnings.simplefilter('error')，因此变成了一个错误）：

======================================================================
ERROR: Failure: RuntimeWarning (numpy.dtype size changed, may indicate binary in
compatibility)
----------------------------------------------------------------------
Traceback (most recent call last):
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/nose/loader.py",
 line 414, in loadTestsFromName
    addr.filename, addr.module)
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/nose/importer.py
", line 47, in importFromPath
    return self.importFromDir(dir_path, fqname)
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/nose/importer.py
", line 94, in importFromDir
    mod = load_module(part_fqname, fh, filename, desc)
  File "/Users/ben/code/thm/alpha/prosper/base/stats/test_auc.py", line 3, in <m
odule>
    import sklearn.metrics
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/sklearn/metrics/
__init__.py", line 6, in <module>
    from .metrics import (accuracy_score,
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/sklearn/metrics/metrics.py", line 27, in <module>
    from scipy.spatial.distance import hamming as sp_hamming
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/scipy/spatial/__init__.py", line 90, in <module>
    from .ckdtree import *
  File "__init__.pxd", line 155, in init scipy.spatial.ckdtree (scipy/spatial/ckdtree.c:20570)
RuntimeWarning: numpy.dtype size changed, may indicate binary incompatibility

有人告诉我，这个警告是由于scipy是根据与安装的版本不同的numpy版本编译的。然而，我用pip安装了它们，我认为这是一种非常标准的方式，所以我认为这应该不是问题。

奇怪的是，尽管将我们的整个测试套件作为一个整体运行（通过python -m unittest discover）会出现这些错误，但运行单个测试（通过python -m unittest <module>）效果良好。

根据测试，这里有一些相关的版本信息：

numpy version 1.9.0 (rev 07601a64cdfeb1c0247bde1294ad6380413cab66)
scipy version 0.14.0 (built against numpy 1.9.0)
sklearn version 0.15.2
pandas version 0.14.1

很高兴根据要求提供更多信息！

Answer 1

您是如何构建sklearn 0.14.1的？你是不是用和scipy相同版本的numpy构建的？

scikit-learn、scipy和numpy的最新版本都有预构建包。特别是scikit learn 0.15.2应该与numpy 1.7+二进制兼容。我认为scipy 0.14.0也是如此，但你说你自己从源代码构建它，这不是pip默认应该做的（它应该只安装预构建的whl包）。

编辑：你尝试过吗：

pip install -U scipy scikit-learn pandas

以确保您正在为这些包使用最新的稳定版本的whl？

编辑：下面的评论有一个有效的实际答案，这大概就是这个答案被接受的原因。即：

pip uninstall -y scipy scikit-learn
pip install --no-binary scipy scikit-learn