对成对的文件执行命令，然后重命名输出

Question

command.py，它将两个成对的文件CA01_S1_R1.fastq和CA01_S1_R2.fastq合并在一起。然后，它将结果打印到新目录paired.out中，并将结果文件命名为paired.fastq。完整的命令将读取

command.py -f CA01_S1_R1.fastq -r CA01_S1_R2.fastq -o paired.out

但是，我希望在许多文件上执行此命令，然后将所有输出保存到同一目录中。此外，输出需要具有唯一的名称。因此，我也想发送文件2和3，同时有效地运行这些命令：

command.py -f CA02_S2_R1.fastq -r CA02_S2_R2.fastq -o paired.out

command.py -f CA03_S3_R1.fastq -r CA03_S3_R2.fastq -o paired.out

然而，即使我有代码在所有样本上循环此命令，该命令也会不断覆盖上一次配对的输出，因为所有输出都保存在文件夹paired.out中，文件名为paired.fastq。我是否可以编写一个简单的循环，通过命令发送每个文件对，然后输入文件夹并将文件输出从paired.fastq重命名为CA01_paired.fastq，然后对我的所有文件重复此操作？

我知道我可以通过以下命令发送多个文件：

for f in CA*_S*_R1.fastq; do
# Replace R1 with R2 in the filename and run the command on both files.
command.py -f "$f" -r "${f/R1/R2}" -o paired.ends
done; unset -v f

我想在这个循环中添加第二条指令，将cd放入这个文件夹，并重命名文件，每次递增1。我不知道如何设置增量变量。我想它会是这样的：

for f in CA*_S*_R1.fastq; do
# Replace R1 with R2 in the filename and run the command on both files.
command.py -f "$f" -r "${f/R1/R2}" -o paired.ends
#cd into the output folder
cd paired.ends
#create an environmental variable that keep tracks of which file number I am on
g=01
#rename the output file
mv fastqjoin.join.fastq CA$g_fastqjoin.join.fastq
#update the environmental variable that keeps track of which file number I am on
g= g + 1
#cd out of the folder where the outputs are being stored and back to the folder that contains all the files to be paired.
cd ..
done; unset -v f

Answer 1

假设文件通过blah_R1.fastq和blah_R2.fastq配对：

for f in *_R1.fastq; do
    r=${f/_R1/_R2}
    command.py -f "$f" -r "$r" -o paired.out &&
        mv paired.out/paired.fastq paired.out/"${f%%_*}_paired.fastq"
done