r-使用bash脚本(Ubuntu)Rscript、pdflatx和API的最佳方式

Question

我目前正在编写一些

1. 通过API连接到服务器并获取一组数据
2. 按案例ID组织该数据
3. 生成个体病例报告
4. 每个案例创建一个pdf(案例概述)文件，最后
5. 将这些文件推回服务器

我对R很熟悉，对pdflatex也有点熟悉。当我开始在Ubuntu环境中工作时，我刚刚发现了bash脚本，现在我开始意识到哪些程序最适合这份工作并不简单。

我目前的计划是使用R中的RCrul获取数据，组织R中的数据并生成一堆.tex文件。此后，我计划使用pdflatex创建teh-pdf文件，最后再次使用R将新创建的pdf文件推送回服务器。我已经开始写一个小的bash脚本，

for f in *Rnw
do
# do something on ${f%%.*}
Rscript -e “source("fetch.data.and.generate.Rnw.R")”             # 1 through 3 
Rscript -e "library(knitr); knit('${f%%.*}.Rnw')"                # 4
pdflatex "${f%%.*}.tex"                                          # 4 continued
rm "${f%%.*}.tex" "${f%%.*}.aux" "${f%%.*}.log" "${f%%.*}.out"   # cleanup after 4
Rscript -e “source("push.pdf.R")”                                # 5
done

我希望有人能建议我什么软件最适合这份工作的个人部分，什么能给我最好的表现。

数据没有那么广泛，我将处理大约500到2000个病例和大约20到30个变量。

Answer 1

@flodel和@shellter得分很高。我只想补充一点，如果你决定在你的解决方案中继续使用bash，你可能会发现计算一次文件名变量，然后在其他地方使用它更容易：

for f in *Rnw; do
stem="${f%%.*}"
Rscript commands with $stem
pdflatex command involving $stem
Rscript commands for pushing $stem.pdf
rm $stem.*
end