关于进化动力学的闪亮应用程序:模拟错误

Question

我是一名刚刚开始学习R的数学研究生，我真的需要任何懂R的人的帮助!

我正在构建一个闪亮的应用程序，模拟概率进化行为(作为一个马尔可夫过程)。可以看到(在展示模式下)在:

• https://amohseni.shinyapps.io/Moran-Process

问题:应用程序的模拟部分抛出了2个错误，我还没有弄清楚。它们如下:

当种群大小N很小(N<10)时，它经常(但不总是)抛出

Error: in sample.int(length(x), size, replace, prob) : 
  incorrect number of probabilities

当种群大小N较大(N>100)时，通常(但不总是)抛出

Error: in sample.int(length(x), size, replace, prob) : 
  non-positive probability

您可以通过将人口滑块设置为max(200)或min(0)来重复此错误，然后反复点击"模拟单一人口"(在左侧栏)，直到出现错误。你可能需要点击它很多次才能得到错误。

似乎问题可能源于代码的部分:

    MPM.sim <- function(t, MPM, πNought) { 
# The simulation function takes as arguments: duration t, the MPM matrix of transition probabilities, and some initial condition πNought
      sim <- as.numeric(t)
      if (missing(πNought)) { # If the initial state is not specified
        sim[1] <- (sample(1:(N+1),1) - 1) # Then take a random initial state 
      }else{sim[1]<-πNought} # If the initial state is specified, start from that state.
      for(i in 2:t){ # For each step of the simulation after the initial state,
        newstate <- sample(1:(N+1),1,prob=MPM[sim[i-1],]) # The transition to the next state is given by the transition matrix MPM.
        sim[i] <- newstate
      } 
      sim 
    }

我非常感谢任何关于如何解决这个问题的帮助或建议!

Answer 1

解决方案如下:

1. 对于偶尔发生在大种群(N>100)中的错误，一个转换概率的归一化项丢失了!

2. 对于偶尔发生在小群体中的误差(N<10)，抽样函数中存在索引误差。我重新标记了用于采样转移概率的转移矩阵的行和列，然后(错误地)认为我可以用它们的新名称来引用这些行。

再次感谢@eipi10的宝贵帮助。