我正在尝试使用SBML软件包模拟某些模型。模型似乎运行良好,但我一直在收到这些警告。"模型不包含SBML FBC软件包信息。SBML软件包"布局"不受共生疗法的支持,信息没有解析SBML软件包"渲染"不受共同疗法的支持,信息没有解析"
您看到的只是警告您不使用SBML FBC软件包来编码基于约束的模型信息。最有可能在模型中使用的所有信息(例如通量范围和目标函数(,但以遗留格式(例如,眼镜蛇格式(。使用FBC更新到SBML L3的一种可能的方法是使用Cobrapy进口和导出,即
from cobra.io import read_sbml_model, write_sbml_model
model = read_sbml_model(input_path)
write_sbml_model(model, output_path)
导出使用最新版本的FBC。
有关包装的警告只是一个迹象表明,各自的信息未用于共同疗法,即,布局和渲染信息均未被解析或在当前共同疗法的背景下使用。
stackoverflow不是共同疗法相关问题的最佳论坛。最佳帖子问题https://github.com/opencobra/cobrapy/issues以及上述问题https://groups.google.com/forum/#! Forum/cobra-pie
免责声明:我是Cobrapy SBML解析器的作者。