我正在尝试从摘要实验创建DESeqDataSet。我收到错误消息：
Error in (function (classes, fdef, mtable) :
unable to find an inherited method for function ‘assayNames’ for signature ‘"DESeqDataSet"’
在研究的过程中，我发现了这个(经过验证的(例子来测试：
df=data.frame("treat"=sample(c(80:100),6, replace=FALSE),
"treat1"=sample(c(90:103),6, replace=FALSE),
"treat2"=sample(c(80:100),6, replace=FALSE),
"ctrl"=sample(c(60:90),6, replace=FALSE),
"ctrl1"=sample(c(60:90),6, replace=FALSE),
"ctrl2"=sample(c(60:90),6, replace=FALSE))
conds<-as.factor(c("Treat","Treat","Treat","Control","Control","Control"))
coldata <- data.frame(row.names=colnames(df), conds)
dds=DESeqDataSetFromMatrix(countData=df,colData=coldata,design=~conds)
不幸的是，这个例子给出了同样的错误。我尝试了"气道"的例子，同样的事情也发生了。我的sessionInfo((是：
R版本3.3.1(2016-06-21(平台：x86_64-apple-darwin13.4.0(64位(运行于：OS X 10.11.6(El Capitan(
区域设置：[1]en_US.UTF-8/en-US.UTF-8/en_UTF-8/C/en.UTF-8_en_US.UTF-8
附加的基本包：[1]stats4并行统计图形grDevices使用基于的数据集方法
其他附加包：[1]DESeq2_1.10.1
Rcpp Armadillo0.7.500.0.0 Rcpp _0.12.7
总结实验_1.4.0 Biobase_2.34.0
基因组范围_1.26.1[7]基因组信息Db_1.10.0
IRanges_2.8.0 S4Vectors_0.12.0
BioInstaller_1.20.3 AnnotationHub_2.2.5
生物遗传学_0.20.0通过命名空间加载(未附加(：[1]locfit_1.5-9.1
格子_0.20-34 Rsamtools_1.26.1
生物字符串_2.42.0摘要_0.6.10[6]mime_0.5 R6_2.2.0 plyr_1.8.4
chron2.3-47 acepack_1.4.1[11]ShortRead_1.28.0 RSQLite_1.0.0 httr_1.2.1
ggplot2.2.1.0 zlibbioc_1.20.0[16]基因组学特征_1.26.0数据。表_1.9.6
注释_1.48.0 rpart_4.1-10
矩阵_1.2-7.1[21]花键_3.3.1
BiocParallel_1.80基因绘图仪_1.48.0
字符串_1.1.0外国_0.8-67[26]RCurl_1.95-4.8 bioRt_2.30.0
munsell_04.3 shiny0.14.2 httpuv_1.3.3[31]rtracklelayer_1.34.0 htmltools_0.3.5
nnet_7.3-12网格附加_2.2.1
htmlTable_1.7[36]交互式显示基础_1.8.0Hmisc_4.0-0 XML_3.98-1.4
基因组比对_1.10.0位_1.0-6[41]网格3.3.1 xtable_1.8-2 gtable_0.2.0DBI_0.5-1 magrittr_1.5[46]scales_0.4.0字符串_1.1.2
XVector_0.14.0 hwriter_3.2
genefilter_1.52.1[51]latticeExtra_0.6-28
公式_1.2-1 RColorBrewer_1.1-2工具_3.3.1survival_2.40-1[56]注释Bi_1.36.0
colorspace _1.2-7 cluster_2.0.5针织衫_1.14
traceback((：
11:stop(gettextf("无法为签名%s找到函数%s的继承方法"，sQuote(fdef@generic)，sQuote(cnames((，domain=NA(10:(函数(类、fdef、mtable({方法<-。findInheritedMethods(类、fdef、mtable(if(长度(方法(==1L(return(方法[[1L]](否则如果(长度(方法(==0L({cnames<-paste0("\"，vapply(classes，as.character，"(，"\"，collapse="，"(stop(gettextf("找不到函数%s的继承方法(用于签名%s("，sQuote(fdef@generic)，sQuote(cnames((，domain=NA(}else stop("查找继承方法时出现内部错误；未返回唯一方法"，域=NA(})(列表("DESeqDataSet"(，函数(x，…(standardGeneric("assayNames"(，(9:assayNames(对象(8:"计数"%(在%assayNames(对象(中(7:validityMethod(对象(6:anyStrings(validityMethod(object((5:validObject(.Object(4:初始化(值，…(3：初始化(值，…(2：new("DESeqDataSet"，se，design=design(1:DESeqDataSet(se，design=~cell+dex(
解决方案：我用重新编译了所有Bioconductor包
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
pkgs <- rownames(installed.packages())
biocLite(pkgs, type="source")
然后重新启动。