R-如何在IGRAPH中绘制图案

Question

i使用igraph软件包获取蛋白质 - 蛋白质相互作用网络中的图案，它具有矢量输出，但我需要图案或绘制图案，图案图。

。

r：

中的代码

 motifs(graph_object, size = 3)

输出：

1 Na Na 5 3

我如何获得r和igraph中的图案情节？这里有四个主题？

注意：这个问题与如何使用Igraph

Answer 1

构造要搜索为"模板图"的主题（例如，创建三角形图），然后使用subgraph_isomorphisms从模板的顶点查找所有映射从蛋白质 - 蛋白质相互作用网络的顶点的图形，与induced_subgraph结合使用lapply，以将映射列表转换为实际基序。示例：

> pattern <- graph.full(3)
> my.graph <- grg.game(100, 0.2)        # just an example graph, use yours
> iso <- subgraph_isomorphisms(pattern, my.graph)      # takes a while
> motifs <- lapply(iso, function (x) { induced_subgraph(my.graph, x) })

motifs然后将是图表的列表，您可以使用plot()绘制它们。