是否仍然可以将 .biom 表从 QIIME 转换为 QIIME 的"经典"OTU 表格式以与 Explicit 一起使用？我尝试从 biom-format.org 运行命令
biom convert -i table.biom -o table.from_biom_w_taxonomy.txt --to-tsv --header-key taxonomy
但返回一个错误：
生物转换：错误：没有这样的选项：--到-TSV
有什么想法吗？
我也在使用QIIME，并浏览了Wernerlab的教程。在这里，我已经成功地将 .biom 表转换为文本文件，也是使用 biom convert 命令。也许您可以在那里的命令行中找到说明：
biom convert -i otu_table.biom -o otu_table_tabseparated.txt -b --header-key="taxonomy" --output-metadata-id="Consensus Lineage"
干杯丹尼斯