我需要您的帮助，将多行条目放入不同的列中。并对文件中的所有条目执行相同操作。
文件示例（仅显示2个条目，有很多类似的条目）：
>ABC
*
AGA-AUUCUC-CGGUUCAAUCU
|||
UCUAUAACCGCGCCGAGUUAGU
>ABC
*
AGAUAU-GCUGCAGGCUCAAUUG
||||||
UCUAUAACCGCG-CCGAGUUAGU
要求的文件格式：
>ABC AGA-AUUCUC-CGGUUCAAUCU UCUAUAACCGCGCCGAGUUAGU
>ABC AGAUAU-GCUGCAGGCUCAAUUG UCUAUAACCGCG-CCGAGUUAGU
我能够通过以下方式将单个条目转换为所需格式：
tr 'n' 't' <test3 | awk '{print $1,$3,$5}'
但如何通过读取整个文件来处理所有条目呢？
您可以这样使用awk：
awk 'NR%2 { printf "%s%s", $0, (NR+1)%6 ? " " : "n" }' < test
解释：
关于awk，您需要了解以下两件事：
语法为
condition { commands }，其中如果condition为真（非零）则执行commands。NR是当前记录的编号（即行号），从1开始。
这里，条件是NR%2，其对于奇数行是非零的。因此，该命令只对奇数行执行，而奇数行正是您要打印的行。偶数行被无声地丢弃。
printf将打印每一个奇数行，后跟一个空格或一个换行符。您的输入每6行重复一次，并且您希望在第5、11、17、行等行之后有一个换行符。你可以把这些数字加1，使其可以被6整除，所以公式(NR+1)%6对这些数字来说是0。
因此，(NR+1)%6 ? " " : "n"计算为第1行和第3行的一个空格，以及第5行的一条换行符。然后重复7、9和11；等等。
我认为您使用最初的awk解决方案是正确的。试试这个；我认为这是可读性和有效性的良好结合：
awk 'BEGIN { RS="nn" } ; { print $1, $3, $5 }' < myfile
这个想法是告诉awk将空行（2个连续的换行符）视为记录分隔符。然后，每个节都被视为一个单独的记录，空白（在本例中是单个换行符）将字段分隔开。这与您使用tr所做的非常相似，只是现在awk将一次运行整个文件处理一个节。
这里有一种使用Perl的方法：
perl -ne 'chomp; if($. % 2 == 1) { print $_, ($. % 6 == 5) ? "n" : "t" }'
这将打印文件的第1行、第3行、第5行、第7行等。在第5行、第11行、第17行等之后，它将打印一行换行符；在其他行之后，它将只打印一个选项卡。
（注意：这假设在连续的五行组之间只有一行空白。如果情况不是，请澄清。）