艾伦大脑天文台 - get_stimulus_template不适用于static_gratings



我正在分析static_gratings刺激实验的数据。SDK 文档表示,get_stimulus_template函数可以将查询实验中使用的任何刺激作为参数。我在实验中调用了list_stimuli((以确认static_gratings是使用的刺激。

当我运行get_stimulus_template('static_gratings'(时,我得到这个回溯/错误:

  Traceback (most recent call last):
  File "<ipython-input-46-be84d6ea7546>", line 1, in <module>
    sg_scenes = expData.get_stimulus_template('static_gratings')
  File "/Users/randallellis/anaconda/lib/python2.7/site-packages/allensdk/core/brain_observatory_nwb_data_set.py", line 373, in get_stimulus_template
    image_stack = f['stimulus']['templates'][stim_name]['data'].value
  File "h5py/_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/Users/ilan/minonda/conda-bld/h5py_1490025880382/work/h5py/_objects.c:2846)
  File "h5py/_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/Users/ilan/minonda/conda-bld/h5py_1490025880382/work/h5py/_objects.c:2804)
  File "/Users/randallellis/anaconda/lib/python2.7/site-packages/h5py/_hl/group.py", line 169, in __getitem__
    oid = h5o.open(self.id, self._e(name), lapl=self._lapl)
  File "h5py/_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/Users/ilan/minonda/conda-bld/h5py_1490025880382/work/h5py/_objects.c:2846)
  File "h5py/_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/Users/ilan/minonda/conda-bld/h5py_1490025880382/work/h5py/_objects.c:2804)
  File "h5py/h5o.pyx", line 190, in h5py.h5o.open (/Users/ilan/minonda/conda-bld/h5py_1490025880382/work/h5py/h5o.c:3740)
KeyError: "Unable to open object (Object 'static_gratings_image_stack' doesn't exist)"

任何帮助,不胜感激。

这很奇怪。 你能提供你用来创建expData的其余代码吗? 我可以检查NWB文件是否有问题。 您也可以尝试删除NWB文件并重新下载,以防您的文件出现问题(例如,未完成下载(。

更新:忽略之前的回复 - 我误读了你的问题。

问题是我们目前没有提供静态光栅和漂移光栅激励的模板。 当我们提出刺激时,这些刺激是由精神病程序产生的。 看:

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/issues/24

我们目前正在努力将这些方法整合到AllenSDK中,以便人们可以自己生成它们。 自然电影、自然场景和局部稀疏噪声模板都在 NWB 文件中可用。

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