使用离散轴进行 circos 绘图的软件推荐

Question

我想制作一个类似马戏团的图来可视化 SNP(SNP 属性有多个轨道(。它可以用python，R完成，或者我很乐意考虑其他语言。

到目前为止，我已经看了一下循环 R 包。 但是，我在初始化马戏团情节时"Range of the sector ('C') cannot be 0"收到错误。 我相信这个错误是由于我有离散数据 (SNP( 而不是所有仓位的数据。或者这可能是因为我有一些重复的数据点。

我在下面简化了我的数据，并显示了我到目前为止尝试过的代码：

Sample  Gene    Pos read_depth  Freq
1   A   20394   43  99
1   B   56902   24  99
2   A   20394   50  99
2   B   56902   73  99
3   A   20394   67  50
3   B   56902   20  99
3   C   2100394 21  50

install.packages("circlize")
library(circlize)
data <- read.table("test_circos.txt", sep='t', header=TRUE)
circos.par("track.height" = 0.1)
circos.initialize(factors = data$Gene, x = data$Pos)

我想知道是否有可能获得类似马戏团的绘图，其中我的每个数据点(在我的示例中为 7(都绘制为单个数据点，而没有以离散轴的方式绘制任何其他点。

Answer 1

如果有人感兴趣，我决定执行以下操作：

1. 每个类别的数据点数 (='Gene'(;新列'Number'：

Sample  Gene  Pos     depth  Freq   Number
1       A     20394   43     99     1      
1       B     56902   24     99     1
2       A     20394   50     99     2
2       B     56902   73     99     2
3       A     20394   67     50     3
3       B     56902   20     99     3
3       C     2100394 21     50     1

2. 设计 circos 配置文件如下(标头不包含在实际配置文件中(：

chr - ID  LABEL START END COLOUR
chr - A   A     0     3   chr1
chr - B   B     0     3   chr2
chr - C   C     0     1   chr3

这意味着我的基因的长度将与所述基因中鉴定的SNP数量相等，并且每个基因bp将代表我的SNP文件中的一行(= SNP(。

然后我可以像往常一样使用马戏团。

最后，我选择了马戏团，因为它似乎有最好的记录，因此更容易学习，而且看起来更灵活。