C语言 How to MPI_SEND and MPI_RECV

Question

i有一个输入文件.txt，其中有序列：

NAMEOFSEQUENCE1/SEQUENCE1
NAMEOFSEQUENCE2/SEQUENCE2
NAMEOFSEQUENCE3/SEQUENCE3

我完成了一个结构：

typedef struct lane{
  char *name;
  char *sequence;
}lane;

并编写此代码：

int i=0;
lane* toSend    = malloc(sizeof(*toSend)*3);
while (fgets(line,strlen(line),fileinput) != NULL){
            //GETTING NAME AND SEQUENCE, LINE PER LINE
            char *tempName = malloc(strlen(line)-strlen(strstr(line,"\"))+1);
            strncpy(tempName,line,strlen(line)-strlen(strstr(line,"\")));
            tempName[strlen(line)-strlen(strstr(line,"\"))] = '';
            char *tempSequence = malloc(strlen(strstr(line,"\")));
            strncpy(tempSequence,strstr(line,"\")+1,strlen(strstr(line,"\")));
            tempSequence[strlen(strstr(line,"\"))-1] = '';
            //FILLING TOSEND
            toSend[i].name      = malloc(strlen(line)-strlen(strstr(line,"\"))+1);
            toSend[i].sequence  = malloc(strlen(strstr(line,"\")));
            howmuchbyte += strlen(line)+1;
            strcpy(toSend[i].name,tempName);
            strcpy(toSend[i].sequence,tempSequence);
            i++;
}

我一次将文件的一行放入"行"变量，然后将每个序列的nameofsequencex放入tempname中，然后放入sequencex。

此时一切都在起作用。如果我打印" tosend"矢量，我将获得正确的价值！所以我写了这篇文章：

MPI_Send(toSend, 3, MPI_BYTE, 1, tag, MPI_COMM_WORLD);

因此，我从等级0的过程发送到等级1的进程（我有2个流程）。我将3个作为计数参数，因为我在数组中有3个元素。

等级1的过程要这样做：

lane* received  = malloc(sizeof(*received)*3);
MPI_Recv(received, 3, MPI_BYTE, 0, tag, MPI_COMM_WORLD, &status);

如果我以等级1的方式进行此操作：

printf("%s",received[0].name);

我会得到一个分段故障。我错了？

Answer 1

如果您的字符串为固定最大长度，例如

，这可能会起作用。

typedef struct lane{
   char name[NAME_MAX];
   char sequence[SEQ_MAX];
 }lane;

在这种情况下，您可以简单地定义新的MPI结构化数据类型，并在发送和接收操作中使用它：

int blens[2] = { NAME_MAX, SEQ_MAX };
int disps[2] = { offsetof(lane, name), offsetof(lane, sequence) };
int oldtypes[2] = { MPI_CHAR, MPI_CHAR };
MPI_Datatype type_lane;
MPI_Type_create_struct(2, blens, disps, oldtypes, &type_lane);
MPI_Type_commit(&type_lane);
lane aLane[2];
if (rank == 0)
{
   strncpy(aLane[0].name, NAME_MAX, "foo1");
   strncpy(aLane[0].sequence, SEQ_MAX, "bar");
   strncpy(aLane[1].name, NAME_MAX, "foo2");
   strncpy(aLane[1].sequence, SEQ_MAX, "baz");
   MPI_Send(aLane, 2, type_lane, 1, tag, MPI_COMM_WORLD);
}
else if (rank == 1)
{
   MPI_Recv(aLane, 2, type_lane, 0, tag, MPI_COMM_WORLD, &status);
}

如果您的字符串的长度有很大变化，则在发送每个结构之前应序列化每个结构。我想到的最简单的事情就是将所有名称/序列对加入，由NUL隔开：

int total_length = 0;
for (i = 0; i < num_to_send; i++)
   total_length += strlen(toSend[i].name) + strlen(toSend[i].sequence) + 2;
char *bigstr = malloc(total_length);
char *cur = bigstr;
for (i = 0; i < num_to_send; i++)
{
   strcpy(cur, toSend[i].name);
   cur += strlen(toSend[i].name) + 1;
   strcpy(cur, toSend[i].sequence);
   cur += strlen(toSend[i].sequence) + 1;
}

现在bigstr的内容如下：

toSend[0].name  toSend[0].sequence  toSend[1].name  toSend[1].sequence  ....

发件人现在可以发送字符串并处置：

MPI_Send(bigstr, total_length, MPI_CHAR, 1, tag, MPI_COMM_WORLD);

接收器必须准备接收一条未知大小的消息。这可以通过首先致电MPI_Probe，然后是MPI_Recv：

来实现

MPI_Status;
MPI_Probe(1, tag, MPI_COMM_WORLD, &status);
MPI_Get_count(&status, MPI_CHAR, &total_length);
char *bigstr = malloc(total_length);
MPI_Recv(bigstr, total_length, MPI_CHAR, 1, tag, MPI_COMM_WORLD, MPI_STATUS_IGNORE);

现在是您必须将大字符串供电到一个元组集合的部分。一种方法是先走路并计算NUL的数量，然后将它们除以两个。然后再次行走并将每个项目复制到相应的位置：

int num_structs = 0;
for (i = 0; i < total_length; i++)
   if (bigstr[i] == '') num_structs++;
num_structs /= 2;
lane *lanes = malloc(num_structs * sizeof(lane));
char *cur = bigstr;
for (i = 0; i < num_structs; i++)
{
   lanes[i].name = strdup(cur);
   cur += strlen(cur);
   lanes[i].sequence = strdup(cur);
   cur += strlen(cur);
}

另一个可能的解决方案是使用MPI_Pack和MPI_Unpack。

Answer 2

您不能仅通过MPI频道发送原始指针。好吧，您可以，但是从其他过程中接收指针的过程在记忆位置（在其自身的内存空间中）中没有相同的数据。

如果要通过MPI发送一个大小的数组（例如字符串），则需要先测试数组的大小，并在接收端分配适当尺寸的数组。

有关更多信息：如何使用MPI