如何向作业调度程序提交R脚本:bash、编译器、Rscript或其他

Question

我的问题：

我有一个使用配置文件的R脚本myscript.R，例如config.xml，向作业调度程序提交此类脚本的最佳方式是什么（例如，使用qsub）？

我希望能够以与使用相同的方式使用脚本和文件，例如嵌入bash脚本中的C或Fortran可执行文件。

我目前如何使用FORTRAN：

下面是一个我在编译的Fortran可执行文件fex中使用的方法示例，类似于下面我将调用的fscript.sh:

!#/bin/bash/
mpirun [arguments] "fex" -f $1

上面的fscript.sh可以发送到一个集群，其中包含读取配置文件的指令，如下所示：

qsub [arguments] fscript.sh 1 config.xml

我目前如何以类似的方式使用R：

为了以类似的方式运行R，我使用了一个bash脚本rscript.sh

#!/bin/bash
CONFIG=$1
env $CONFIG R --vanilla < myscript.R

这可以在命令行运行，例如

qsub [arguments] rscript.sh config.xml

其中rscript.R包含类似的内容

library(XML)
config <- Sys.getenv("CONFIG")
config <- xmlList(xmlParse(config.xml))
myfunction(config)

我的问题

1. Rscript或编译器会提供比我目前使用的bash更健壮的方法吗
2. 在什么条件下，一个比另一个更合适（有哪些优点和缺点）
3. 在这两种情况下，我将如何传递配置文件

到目前为止我做了什么

除了提出上面描述的bash脚本rscript.sh之外，我还阅读了Rscript和编译器的教程和一些文档，但我不清楚在这些上下文中，一个是否比另一个更受欢迎。此外，还不清楚在任何一种上下文中传递配置文件的最佳方式。

这个问题与其他问题有关，例如，从R程序创建可执行文件的方法是什么，R编译器存在吗？。然而，我不认为这对于使用编译后的代码是必要的。

Answer 1

compiler与任何事物有什么关系？它将R代码编译为R解释器的字节码，因此它可能不会执行您怀疑的操作。

对于脚本，请使用Rscript（随处可见）或littler（早于Rscript）。

我们实际上是为了这个脚本目的而明确地写了littler，我的"带R的HPC简介"演讲（见演示页面）实际上有向slurm调度器/资源管理器提交此类脚本的例子（因为我从未访问过qsub）。

这里还有许多其他问题与Rscript和命令行解析有关。这应该会让你开始。

Answer 2

根据Dirk的回答和另一个问题，分析R脚本中的命令行参数，我提出了以下解决方案，使我能够创建一个接受配置文件名称的R可执行文件

来自OP的myscript.sh和rscript.R可以合并为以下newrscript.R

#!/usr/bin/Rscript
config.file <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
config <- xmlParse(config.file)
myfunction(config)

然后可以从命令行调用，以与myscript.sh:最初使用的方式非常相似的方式传递配置文件的名称

./newrscript.R config.xml