SLURM Sbatch 将任务排队，但不执行任何内容

Question

我在 AWS 集群上使用 slurm，并编写了一个似乎不起作用的执行脚本。如果我自己运行脚本，它运行良好。但是，当使用sbatch运行时，它不起作用。

我使用以下代码调用sbatch：

for sample in `cat url.txt`;
    do sudo /opt/slurm/bin/sbatch ./slurm_script.sh $sample; 
    sleep 1;
done

脚本slurm_script.sh包含一个很长的生物信息学管道。它自己调用时确实有效 [ bash slurm_script.sh someString ]

它输出到主节点：

Submitted batch job 2
Submitted batch job 3
Submitted batch job 4
Submitted batch job 5
...

但是当我通过 ssh 进入任何计算节点时，没有正在运行的进程。也不会创建任何文件。有什么想法吗？

Answer 1

我花了一些时间来弄清楚这一点，但是在运行脚本之前，slurm的错误和out目录没有在正确的文件夹中创建。我在 ~/slurm_out 和 ~/slurm_error 中创建了这些目录。但是，在建议下运行以下内容后@Poshi

scontrol show job

我看到 slurm 正在以下目录中查找这些：

...
WorkDir=/scratch/missing
StdErr=/scratch/missing/slurm_error/error_85.txt
StdIn=/dev/null
StdOut=/scratch/missing/slurm_out/output_85.txt
Power=
...

在 slurm 查找的目录中创建slurm_error和slurm_out后，脚本开始运行！