不可能从devtools递归地从install_github安装依赖项

Question

我试着在Windows 7上测试我在Ubuntu 16.04上开发的软件包。对于这两个平台，我都在R 3.3.1上工作(但我也在3.3.0上测试)。

我的包保存在我的GitHub repo (https://github.com/charlottesirot/elementR)。当我在Ubuntu中运行这个命令时，没有问题发生:

    library(devtools)
    install_github("charlottesirot/elementR", dependencies = T , force = T)

但是对于windows 7，我有以下答案:

从URL下载GitHub repo charlottesirot/elementR@masterhttps://api.github.com/repos/charlottesirot/elementR/zipball/master安装元素"C:/programa ~1/R/R-33~1.1/bin/i386/R"——no-site-fileCMD INSTALL "C:/Users/Cha/AppData/Local/Temp/RtmpUX1GVA/devtoolsa907a336b/charlottesirot- elementer -103e064"——图书馆= " C:/用户/茶/文件/R/win-library/3.3"——install-tests

• 正在安装source package 'elementR'…* * R* *本月在loadNamespace(i, c(lib. c))中出现错误。.libPaths())， versionCheck = vI[[i]]):没有
:加载"elementR"包失败
• 删除"C:/Users/Cha/Documents/R/win-library/3.3/elementR"错误:Command failed (1)

据我所了解，R试图安装我的包的依赖关系(例如Shiny…)，但它没有设法安装依赖关系(例如XML从gnumeric包)

因此，我尝试手动安装XML，认为可能是XML有问题，然后:

• 正在安装source package 'elementR'…* * R* *本月**在loadNamespace(j <- i[[1L]]， c(lib. js)中出现错误。.libPaths())， versionCheck = vI[[j]])没有名为"gtools"的包"elementR"
• 删除"C:/用户/茶/文件/R/win-library/3.3/elementR"

我不能手动安装所有的包，这没有意义!!

此外，当我尝试一些比我的包更不神秘的东西时，我认为我可能会在我的代码中出错:

install_github("hadley/ggplot2", force = T)

• 正在安装source package 'ggplot2'…* * R* *数据***移动数据集到懒人数据库* *本月* *测试在loadNamespace(i, c(lib. c))中出现错误。.libPaths())， versionCheck = vI[[i]]):没有名为'assertthat'的包错误:延迟加载包'ggplot2'失败
• 删除"C:/用户/茶/文件/R/win-library/3.3/ggplot2"
• 恢复之前的"C:/Users/Cha/Documents/R/win-library/3.3/ggplot2"错误:Command failed(1 .命令失败))

我认为有一个问题从install_github ??你觉得呢?

这是我的命名空间:

exportPattern("^[[:alpha:]]+")
importFrom(R6, R6Class)
importFrom(shinyjs, colourInput)
importFrom(shinyjs, delay)
importFrom(shinyjs, useShinyjs)
importFrom(gnumeric, read.gnumeric.sheet)
importFrom(abind, abind)
importFrom(tcltk2, tk2text)
importFrom(gdata, read.xls)
importFrom("readODS", read.ods)
importFrom("grDevices", "bmp", "colorRampPalette", "dev.off", "jpeg",
             "png", "rainbow", "tiff")
importFrom("graphics", "abline", "layout", "legend", "mtext", "par",
             "plot", "points", "rect", "text", "title")
importFrom("stats", "sd")
importFrom("utils", "read.table", "write.csv", "write.table")
import(shinydashboard, shiny, stringr, lmtest, reader, devtools, tcltk)

对我来说，它看起来不错，但你认为呢?

我在网上看了很多文章，但我只发现了一个消息，这与我的情况完全相同，但它是不够的信息:无法安装"flexdashboard package"

我在这一点上完全卡住了，我希望你能帮助我解决这个问题。

提前谢谢你!!

CHa

Answer 1

最近，我遇到了一个类似的或可能相关的问题。事实证明，devtools install_github中有一个错误，没有正确安装依赖项，尽管dependecies=TRUE。看一下:install_github是否递归地安装依赖项?如果问题仍然存在，最好直接通过github库与作者联系。

另外，我刚刚观察到Windows更新后出现的另一个问题，在此期间，权限似乎被更改为下载或更新软件包到个人Win用户库，而不是"默认的"R库文件夹。我怀疑devtools似乎因此失去了加载哪些包或在哪个版本中可用的信息。一个新的R重新安装(例如，库文件夹清理)解决了这个问题，但这可能并不总是方便的。