生物：:D B：：Fasta，无法在 script.pl 行的未定义值上调用方法 "index_file"

Question

我想在perl中重新加载一个预索引文件，该文件以前已被索引如下：

./first_script.pl hg19.fa
use Bio::DB::Fasta;
my $db = Bio::DB::Fasta->new($file_fasta);
...

在另一个脚本中，我想重新加载现有的索引文件。

/script.pl hg19.fa.index输入

#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;
use Bio::DB::Fasta;
my $fasta_index_file = $ARGV[0];
my $input_file = $ARGV[1];
open(FH,"<$input_file");
my $db->index_file($fasta_index_file);

在描述中，它被称为

 Title   : index_file
Usage   : $db->index_file($filename)
Function: (re)loads a sequence file and indexes sequences offsets in the file
Returns : seq offsets in the file
Args    : filename,
           boolean to force reloading a file

但它返回以下错误：

Can't call method "index_file" on an undefined value at script.pl line

在第二个脚本中，如果我再次使用：

my $db = Bio::DB::Fasta->new($file_fasta);

它立即进入下一步！这是否意味着它已经意识到它的存在？

Answer 1

您没有在第二个脚本中的任何位置定义$db。

通常情况下，use strict;会揭示这一点，并且应该是您进行故障排除的第一步。