我有来自不同年龄和性别的人类数据。使用与seurat的整合后，我将如何在差异基因表达分析中最好地控制这些混杂因素。我在函数中看到 latent.varsFindMarkers选项。我可以给latent.vars = c("Age", "gender")一起解释吗？或者我一次只能使用一个？
有没有替代软件包可以更好地进行测试？ 提前感谢！
您可以使用该参数，但这意味着您正在转向基于 glm 的模型，而不是默认的 wilcoxon 测试。 您也可以在帮助页面(?FindMarkers(中看到它：
latent.vars: Variables to test, used only when ‘test.use’ is one of
'LR', 'negbinom', 'poisson', or 'MAST'
您可以在源代码中的 GLMDETest 下查看如何调用 glm。基本上，这两个协变量包含在glm中，以说明它们对因变量的影响。同样重要的是在这种情况下，您如何对待协变量年龄。它是绝对的还是连续的..这可能会影响您的结果。