强制 qsub (PBS) 在退出之前等待作业结束



我一直在使用Sun Grid Engine在集群的一个节点上运行作业。

通常我会等待作业完成后退出,使用:

qsub -sync yes perl Script.pl

但是现在我不再使用Sun Grid Engine而是使用PBS Pro 10.4

我找不到相应的-sync指令。

有人能帮帮我吗?提前感谢

PBSPro没有相应的-sync,但是您可以使用-I选项结合使用expect告诉它运行什么代码才能获得相同的效果。

-sync对PBS的等效为-Wblock=true

这将防止qsub在作业完成之前退出。这可能是不寻常的需要,但我发现它在使用一些不是为HPC设计的软件时很有用。该软件执行一个工作程序的多个实例,这些实例同时运行。但是,在生成下一个实例之前,它必须等待一个(有时是多个)实例完成,并对结果进行一些处理。如果工作程序完成时没有写入特定的文件,则假定它失败了。我能够为工作程序编写一个包装器脚本,以qsub它,并使用-Wblock=true选项使其等待工作程序作业完成。

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