C语言 后缀数组构造 O(N LogN) - 竞争编程 3 史蒂文·哈利姆

Question

我读了Steven Halim和Felix Halim的《竞争性编程3》一书

我

正在阅读有关字符串的章节。我试图理解后缀数组构造算法。我不明白基数排序部分。 (虽然，我了解基数排序和计数排序的工作原理(

这是书中的代码

#define MAX_N 100010 // second approach: O(n log n)
char T[MAX_N]; // the input string, up to 100K characters
int n; // the length of input string
int RA[MAX_N], tempRA[MAX_N]; // rank array and temporary rank array
int SA[MAX_N], tempSA[MAX_N]; // suffix array and temporary suffix array
int c[MAX_N]; // for counting/radix sort
void countingSort(int k) { // O(n)
    int i, sum, maxi = max(300, n); // up to 255 ASCII chars or length of n
    memset(c, 0, sizeof c); // clear frequency table
    for (i = 0; i < n; i++){ // count the frequency of each integer rank
        c[i + k < n ? RA[i + k] : 0]++;
    }
    for (i = sum = 0; i < maxi; i++) {
        int t = c[i]; c[i] = sum; sum += t; 
    }
    for (i = 0; i < n; i++){ // shuffle the suffix array if necessary
        tempSA[c[SA[i]+k < n ? RA[SA[i]+k] : 0]++] = SA[i];
    }
    for (i = 0; i < n; i++){ // update the suffix array SA
        SA[i] = tempSA[i];
    }
}
void constructSA() { // this version can go up to 100000 characters
    int i, k, r;
    for (i = 0; i < n; i++) RA[i] = T[i]; // initial rankings
    for (i = 0; i < n; i++) SA[i] = i; //initial SA: {0, 1, 2, ..., n-1}
    for (k = 1; k < n; k <<= 1) { // repeat sorting process log n times
        countingSort(k); //actually radix sort:sort based on the second item
        countingSort(0); // then (stable) sort based on the first item
        tempRA[SA[0]] = r = 0; // re-ranking; start from rank r = 0
        // compare adjacent suffixes
        for (i = 1; i < n; i++){
            // if same pair => same rank r; otherwise,increase r
            tempRA[SA[i]] = (RA[SA[i]] == RA[SA[i-1]] && RA[SA[i]+k] == RA[SA[i-1]+k]) ? r : ++r;           
        }
        for (i = 0; i < n; i++){// update the rank array RA
            RA[i] = tempRA[i];
        }
        if (RA[SA[n-1]] == n-1) break; // nice optimization trick
    } 
}

有人可以解释一下countingSort((函数的这些行中发生了什么吗？

for (i = sum = 0; i < maxi; i++) {
    int t = c[i]; c[i] = sum; sum += t; 
}
for (i = 0; i < n; i++){ // shuffle the suffix array if necessary
    tempSA[c[SA[i]+k < n ? RA[SA[i]+k] : 0]++] = SA[i];
}
for (i = 0; i < n; i++){ // update the suffix array SA
    SA[i] = tempSA[i];
}

非常感谢您宝贵的时间。

Answer 1

首先计算每个唯一排名的起始索引。

备注：c[]这里代表排名，而不仅仅是单个角色。

// compute cumulates of rankings
for (i = sum = 0; i < maxi; i++) {
    int t = c[i]; c[i] = sum; sum += t; 
}

使用刚刚计算的 startIndices 对后缀数组重新排序。基于SA[i]+k后缀的排名。

// shuffle the suffix array if necessary
for (i = 0; i < n; i++){ 
    tempSA[c[SA[i]+k < n ? RA[SA[i]+k] : 0]++] = SA[i];
}

从临时数组中复制回更新的值

// copy the updated values back to SA
for (i = 0; i < n; i++){ 
    SA[i] = tempSA[i];
}

---

这意味着从位置 i 开始的后缀按后缀在位置 (i+k) 的排名排序。

我们按长度

k位置i+k处的长度后缀对长度k的每个后缀进行排序。我们可以这样做，因为在上一次迭代中，所有后缀都按长度k排序。

之后，我们再次从第一个索引排序。这是保持大小k的排名。由于排序是稳定的，现在所有后缀都按长度k*2排序。

我们的下一步是在排名中的两个连续后缀数组不再相等时更新排名。

for (i = 1; i < n; i++){
    // if same pair => same rank r; otherwise,increase r
    tempRA[SA[i]] = (RA[SA[i]] == RA[SA[i-1]] && RA[SA[i]+k] == RA[SA[i-1]+k]) ? r : ++r;           
}

如果尺码k在他们startIndex的排名相同，并且在他们startIndex+k的排名相同。那么startIndex的排名对于大小k*2是相同的。

这也应该解释以下内容：

if (RA[SA[n-1]] == n-1) break; // nice optimization trick

这意味着在这一点上，当前大小的排名都是唯一的。因此，所有后缀也是唯一的，不需要进一步排序。

---

步进示例：

  a   b   c   x   a   b   c   d 
--------------------------------INIT-
  0   1   2   3   4   5   6   7 // SA
 97  98  99 120 97  98  99  100 // RA
---------------------------------K=1-
  0   2   5   7   1   3   4   6 // SA
  0   1   2   4   0   1   2   3 // RA
---------------------------------K=2-
  1   3   5   7   0   2   4   6 // SA
  1   3   5   7   0   2   4   6 // RA

countint排序步骤 K=1 的示例：

// count frequencies
c['a']=2;
c['b']=2;
c['c']=2;
c['d']=1;
c['x']=1;
// switch them to startindices
c['a']=0;
c['b']=2;
c['c']=4;
c['d']=6; // e.g. in total there are 6 suffixes smaller than starting with d (2 x a, 2 x b, 2 x c)
c['x']=7;
// determine the new SA position
tempSA[c[rank(SA[i]+k)]++] = SA[i];
// decomposing first iteration
tempSA[c[rank(SA[0]+k)]++] = SA[0]; // i = 0
tempSA[c[rank(SA[0]+1)]++] = SA[0]; // k = 1
tempSA[c[rank(1)]++] = 0; // SA[0] = 0
tempSA[c['b']++] = 0; // rank(1) = 'B'
tempSA[2] = 0; // c['b']=2 => 2++ = 3

换句话说：将当前的第一个后缀数组放在后缀数组的 startIndex 中，该后缀数组以 k 位开头。并将该起始索引增加 1，以便下一次出现不会覆盖。

// all other iterations resulting in:
tempSA[0] = 7 // d (sorted by EMPTY)
tempSA[1] = 3 // x (sorted by a)
tempSA[2] = 0 // a (sorted by b)
tempSA[3] = 4 // a (sorted by b)
tempSA[4] = 1 // b (sorted by c)
tempSA[5] = 5 // b (sorted by c)
tempSA[6] = 6 // c (sorted by d) 
tempSA[7] = 2 // c (sorted by d)
// last step is simply copying those values to SA (I suppose you know why this is)

这就是我能给你的全部，如果你仍然有麻烦，试着用调试器完成它，或者在你有疑问的地方打印出子结果。