PERL:将数组元素与哈希图值相结合

Question

我试图将两个值粘贴到字符串中。一个值是一个数组元素，另一个值是hashmapvalue。但是我一直存在这个错误：

Use of uninitialized value in concatenation (.) or string
  at makeNewCSV.pl line 104, <$fh> line 2020.

这是我的代码：

use feature qq(say);
my @nodeIdArray;
my @sequenceArray;
my @completeLineArray;
my %fastaHash = ();
[...]
sub readCsv{#Reads the CSV and puts all the Node ID's in an array
my ($file) = @_;
my $nodeID = qr{d+,(d+)};
open(my $fh, '<', $file) or die "Error while reading CSV: $!";
    while(my $line = <$fh>){
        if($line =~ $nodeID){
            push(@nodeIdArray, $1);
        }
    }
close($fh);
searchFasta();
}

sub searchFasta{#Reads and searches the fasta file for contigs with a matching node ID
my ($file) = $ARGV[1];
my $fastaNodeID = qr{>NODE_(d+)_LENGTH_d+_COV_[d.]+n([ACTGNn]+)};
my @matches;

open(my $fh, '<', $file) or die "Error while reading fasta: $!";
    my @allLines = <$fh>;
    my $makeString = join('', @allLines);
    my $lineAsString = uc($makeString);
    while($lineAsString =~ m/$fastaNodeID/g){
        my $node_ID = $1;
        my $sequence = $2;
        $sequence =~ s/n//;
        $fastaHash{$node_ID} = $sequence;
    }
close($fh);

pasteLines();
}
sub pasteLines{
my $fullLine = "";
my $file = $ARGV[0];
my @hashKeys = keys(%fastaHash);
my $index = 0;
my $numberOfRepeat = 0;
open(my $fh, '<', $file) or die "Error while reading CSV (2): $!";

    my @allLines = <$fh>;
    my $arrayLength = @allLines;
    foreach my $line(@allLines){
        chomp($line);
    }
    while($numberOfRepeat <= $arrayLength){     
        foreach my $key(@hashKeys){
            if($key = $nodeIdArray[$index]){

                no warnings qw(uninitialized);  #DEBUG:
                say qq(DEBUG: $fastaHash{$key} = "$fastaHash{$key}");
                say qq(DEBUG: $fullLine = $allLines[$index] . "," . $fastaHash{$key};);
                use warnings qw(uninitialized);  #DEBUG:

                $fullLine = $allLines[$index] . "," . $fastaHash{$key}; #This line here gives the problems
                push(@completeLineArray, $fullLine);
                $index++;
            }
            else{
                $index++;
            }
        }
    }
close($fh);

}

$索引用于通过数组循环，@Alllines包含读取文件中的所有行。（ <$fh>是我的filehandle）。

编辑22-10-2012：我添加了整个代码以显示变量的位置

Answer 1

通常，perl非常擅长在未定义的问题中选择确切的行号。

显然，某个地方，您认为具有价值的东西没有。解决此问题的最简单方法是在做其他任何事情之前简单地打印出值。尝试以下操作：

use feature qq(say);
[...]
no warnings qw(uninitialized);  #DEBUG:
say qq(DEBUG: $fastaHash{$key} = "$fastaHash{$key}");
say qq(DEBUG: $fullLine = $allLines[$index] . "," . $fastaHash{$key};);
use warnings qw(uninitialized);  #DEBUG:
$fullLine = $allLines[$index] . "," . $fastaHash{$key};
push(@completeLineArray, $fullLine);

这将打印出您想在$fullline中加入在一起的值，这是我认为错误来自的地方。即使@completeLineArray为空，push也可以工作，如果$fullLine是问题，则无论如何，这将是上面的问题。

这很简单。只需复制上方的行，并用say qq(DEBUG:)和);包围。对于额外的奖励积分，您可以在$的前面放置后斜切，以确保您对此没有任何问题。

say命令自5.10起就可以使用，而且很不错，因为我不必继续将n放在这些事情的末尾，因为我剪切和粘贴了。您必须使用功能Pragma才能获得。

我的怀疑是$key不是%fastahash哈希中的有效键。说$fastahash{$key}当您的哈希中不存在$key时，将返回不确定的值。由于您没有发布太多其他信息，所以我不能说$key为什么要指出不存在的值。但是，我敢打赌，一旦您开始打印这些钥匙，您就会很快找到问题。

no warnings qw(uninitialized)将停止打印该非初始化的警告。我知道在DEBUG:语句中某些价值将未经验证。这就是为什么我要打印它们。但是，在您的陈述之前，可以重新确定非初始化的警告，以便您仍然明确警告。您会在输出中看到这一点，并且可以查看上面的DEBUG:语句以查看问题。

找出问题后，您可以轻松地使用搜索并删除DEBUG:行。

现在，一旦找到此错误，就有两种方法：

忽略它

只需用no warnings qw(uninitialized);和use warnings qw(initialized);语句包围代码即可。它很简单，而且该程序可能无论如何都可以做您想做的事情。此外，我们都知道您是否忽略了一个问题，它就消失了。

处理错误

如果我怀疑$key没有指向数组中的有效键，那么您可以捕获该错误并处理。它可能根本不会将该值推入您的@completeLineArray数组，或者可能是其他错误处理技术。下面，我检查了两种可能性：$key并未指向%fastaHash中的有效条目，或者$key实际上确实指向%fastaHash中的有效条目，但该值未定义：

if ( defined $fastaHash{$key} ) {
    $fullLine = $allLines[$index] . "," . $fastaHash{$key};
    push(@completeLineArray, $fullLine);
}
elsif ( not exists $fashaHash{$key} ){  #Key could exist, but value be `undef`
   ...;   #What you want to do if value key points to is undefined.
}
else (
   ...;   #What you want to do if $key doesn't point to a key in your hash
}