根据文本文件中的列表从一系列目录中复制文件

Question

我正在尝试在for循环中使用rsync或cp来复制与存储在.txt文件中新行上的 200 个名称列表匹配的文件，这些名称与具有.pdbqt扩展名的文件名匹配，这些文件名位于具有一个父文件夹的一系列子目录中。.txt文件如下所示：

file01
file02
file08
file75
file45
...

我尝试将 rsync 与以下命令一起使用：

rsync -a /home/ubuntu/Project/files/pdbqt/*/*.pdbqt 
--files-from=/home/ubuntu/Project/working/output.txt 
/home/ubuntu/Project/files/top/

当我运行 rsync 命令时，我收到：

rsync error: syntax or usage error (code 1) at options.c(2346) [client=3.1.2]

我编写了一个 bash 脚本，如下所示，试图让它工作：

#!/bin/bash
for i in "$(cat /home/ubuntu/Project/working/output.txt | tr 'n' '')"; do
cp /home/ubuntu/Project/files/pdbqt/*/"$i".pdbqt /home/ubuntu/Project/files/top/;
done

我知道cat不是一个很好的命令，但我无法找到它的替代解决方案，因为我仍然不熟悉使用 bash。运行时出现以下错误：

tr: when not truncating set1, string2 must be non-empty
cp: cannot stat '/home/ubuntu/Project/files/pdbqt/*/.pdbqt': No such file or directory

我假设 tr 错误是由于 tr 错误而抛出的cp错误，但我不确定如何摆脱从新行分隔列表中读取的n。

预期的结果是，从包含 12000 个.pdbqt文件的子/pdbqt/目录中，输出.txt列表中的 200 个文件将从这些子目录中复制到/top/目录中。

Answer 1

当你的数据已经在shell变量中时，for循环是很好的。 从文件中读入数据时，while ... read循环效果更好。 在您的情况下，请尝试：

while IFS= read -r file; do  cp -i -- /home/ubuntu/Project/files/pdbqt/*/"$file".pdbqt  /home/ubuntu/Project/files/top/; done </home/ubuntu/Project/working/output.txt

或者，如果您发现多行版本更具可读性：

while IFS= read -r file
do
cp -i -- /home/ubuntu/Project/files/pdbqt/*/"$file".pdbqt /home/ubuntu/Project/files/top/
done </home/ubuntu/Project/working/output.txt

工作原理

• while IFS= read -r file; do

  这将启动一次读取一行的while循环。IFS=告诉 bash 不要截断行中的空格，-r告诉read不要破坏反斜杠。 该行存储在名为file的 shell 变量中。

• cp -i -- /home/ubuntu/Project/files/pdbqt/*/"$file".pdbqt /home/ubuntu/Project/files/top/

  这将复制文件。-i告诉cp在覆盖现有文件之前询问。

• done </home/ubuntu/Project/working/output.txt

  这标志着while循环的结束，并告诉 shell 从/home/ubuntu/Project/working/output.txt获取循环的输入

Answer 2

Project/files/pdbqt/*或文件中的目录*.pdbqt名称中是否有破折号 (-) ？

错误显示 rsync 源代码中的行options.c"Your options have been rejected by the server.n"

这让我认为它将 glob 中的 inode(文件/目录)解释为 rsync 选项。

for i in $( < /home/ubuntu/Project/working/output.txt LC_CTYPE=C tr 'n' ' ' )
do
cp /home/ubuntu/Project/files/pdbqt/*/"${i}.pdbqt" /home/ubuntu/Project/files/top/
done

我认为你的猫 tr 缺少一个空格

cat /home/ubuntu/Project/working/output.txt | tr 'n' ' '

John1024 对while和read的使用比我的要好。

Answer 3

你的想法是正确的，思考rsync.rsync提供了选项--files-from="yourfile"，该选项将textfile中的所有文件(相对于您接下来指定的基目录)rsync到目标(host:/dest/path或本地仅/dest/path)

您需要指定--no-R以告诉rsync不要使用相对文件名，因为--files-from=将基路径作为下一个参数。例如，要将文本文件中的所有文件传输到指定文件的位置位于当前目录中的某个远程主机，可以使用：

rsync -uai --no-R --files-from="textfile" ./ host:/dest/path

命令实质上指定您读取要从textfile传输的名称，文件将在./(当前目录)下找到，您将文件传输到您指定的host上的host:/dest/path。您可以看到 man 1 rsync 了解完整详细信息。