根据绝对分支长度系统发育计算值在0和1之间的距离矩阵

Question

我有一个系统发育树，其绝对分支长度以百万年为单位。如何计算值在0和1之间的距离矩阵？

Answer 1

假设你在R中有一个系统发育树，你可以使用类人猿包中的cophenetic.phylo（）函数来计算每个分类群之间的距离。

从那里，如果你除以矩阵的最大值，你会得到一个在0&1.

例如：

tree = rtree(5)
dist.mat = cophenetic.phylo(tree)
dist.mat
          t2        t1       t4       t5       t3
t2 0.0000000 0.9832129 1.815684 1.646854 1.483749
t1 0.9832129 0.0000000 1.166180 1.779498 1.616393
t4 1.8156839 1.1661797 0.000000 2.611969 2.448864
t5 1.6468535 1.7794981 2.611969 0.000000 1.527042
t3 1.4837485 1.6163931 2.448864 1.527042 0.000000
dist.mat / max(dist.mat)
          t2        t1        t4        t5        t3
t2 0.0000000 0.3764259 0.6951399 0.6305027 0.5680575
t1 0.3764259 0.0000000 0.4464753 0.6812860 0.6188408
t4 0.6951399 0.4464753 0.0000000 1.0000000 0.9375548
t5 0.6305027 0.6812860 1.0000000 0.0000000 0.5846325
t3 0.5680575 0.6188408 0.9375548 0.5846325 0.0000000