使用“英特尔MKL:--enable-R-shlib”编译R 3.1.1会触发未定义的符号引用错误

问题

为了使用特定的IDE（rstudio），我需要使用ICC/MKL（Composer XE 2013 SP 1.3.174）编译带有共享库（--enable-R-shlib）的R 3.1.1，我遇到了麻烦。

上下文

关于我的平台的一些信息：

OS: Ubuntu 14.04.1 LTS
Kernel: 3.13.0-30
Compiler: Intel ICC (Composer XE 2013 SP 1.3.174)
MKL: Intel MKL (Composer XE 2013 SP 1.3.174)

我之前有一个R 3.1.1的工作安装（没有共享库），用ICC/MKL（Composer XE 2013 SP 1.3.174）编译如下：

$source /opt/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64
$export CC="icc"
$export CXX="icpc"
$export AR="xiar"
$export LD="xild"
$export CFLAGS="-O3 -ipo -openmp -xHost -multiple-processes"
$export CXXFLAGS="-O3 -ipo -openmp -xHost -multiple-processes"
$export MKL="-lmkl_gf_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -lpthread"
$./configure --with-lapack --with-blas="$MKL" --build="x86_64-linux-gnu" --host="x86_64-linux-gnu" > log_cfg
$make > log_make_out 2> log_make_err
#make install

当我运行上面的命令时，编译成功，并且在过程结束时log_make_err为空。

正如我在开头所说，我现在需要使用共享库（--enable-R-shlib）编译R。因此，我尝试使用与以前完全相同的命令（同一台计算机），并将配置行更改为：

$./configure --with-lapack --with-blas="$MKL" --build="x86_64-linux-gnu" --host="x86_64-linux-gnu" --enable-R-shlib

这会产生以下输出：

  R is now configured for x86_64-pc-linux-gnu
  Source directory:          .
  Installation directory:    /usr/local
  C compiler:                icc -std=gnu99  -O3 -ipo -openmp -xHost -multiple-processes
  Fortran 77 compiler:       gfortran  -g -O2
  C++ compiler:              icpc  -O3 -ipo -openmp -xHost -multiple-processes
  C++ 11 compiler:           icpc  -std=c++11 -O3 -ipo -openmp -xHost -multiple-processes
  Fortran 90/95 compiler:    x86_64-linux-gnu-gfortran -g -O2
  Obj-C compiler:        x86_64-linux-gnu-gcc 
  Interfaces supported:      X11, tcltk
  External libraries:        readline, BLAS(generic), LAPACK(in blas), lzma
  Additional capabilities:   PNG, JPEG, TIFF, NLS, cairo
  Options enabled:           shared R library, R profiling
  Recommended packages:      yes

在这种情况下，编译不成功，log_make_err包含以下：

ld: /tmp/ipo_iccUpPSPh.o: undefined reference to symbol '__kmpc_end@@VERSION'
/opt/intel/composer_xe_2013_sp1.3.174/compiler/lib/intel64/libiomp5.so: error adding symbols: DSO missing from command line
make[3]: *** [R.bin] Error 1
make[2]: *** [R] Error 2
make[1]: *** [R] Error 1
make: *** [R] Error 1

当我对每种情况的配置脚本的输出运行diff时，没有什么奇怪的东西出现：

753c753
<   Options enabled:           R profiling
---
>   Options enabled:           shared R library, R profiling

我试图包含make命令的完整输出，但它超过了允许的最大字符数，并且在SO中使用pastebin不是一个好的做法。

如果你觉得缺少一些信息，请告诉我，这些信息可以帮助你引导我朝着正确的方向前进。

谢谢！

我一直在针对MKL编译R，这是一个挑战。我没有在ubuntu上做过，但从你的配置来看，有四件事让我大吃一惊：

使用icc针对mkl进行编译，通常必须在其中一个mkl目录中找到一个shell脚本，以将一组环境变量设置为正确的动态库搜索路径。我看不出你在这么做？
通过链接libmkl_rt，您可以让自己的生活变得更轻松。我的配置行（用于gcc）使用

--带blas="mkl_rt"--带lapack blas_LIBS="-lmkl_rt-limop5-lpthread"
您试图在不发送的情况下使用编译器指令启用openmp--启用openmp进行配置。
您将icc与gfortran混合使用，并且没有为gfortran设置链接指令或库列表。MKL可能不会链接到gfortran，除非它重新编译——英特尔的一些文档说重新编译是必要的；我无法从他们那里得到直接的答案。带有指令的gfortran似乎不知道您希望它是多线程的，而且它可能不知道如何查找库。

在脚本中添加以下内容为我解决了问题：

export MAIN_LDFLAGS='-openmp'

其他一切都保持不变。

希望这对其他人有用。

相关内容

最新更新

热门标签：