R KNN 插补 - 返回错误结果和缺少帮助页面的函数

Question

我正试图使用library(imputation)和kNNImpute()估算R中的一些缺失值。输入数据帧是由13个变量组成的44行。在2列中有30个完整的观测值和14个缺失值的观测值。

代码表示它正在输入所有缺失的值；然而，它将最后4个值输入为0。根据我对代码的阅读，这似乎是一个基于使用0作为错误默认值的缺陷。我的代码：

# impute data
library(imputation)
knn_data <- kNNImpute(x, k= 5)
# examine kNNImpute code
kNNImpute

kNNImpute的代码：参见第4行、第8行，从第24行开始的函数和底部第2行（第48行）：

[4]  prelim = impute.prelim(x)
[8]  x.missing = prelim$x.missing
[24] x.missing.imputed = t(apply(x.missing, 1, function(i) {...}
[48] x[missing.matrix2] = 0

??impute.prelim不返回任何结果（缺少帮助页面）。所以，我不能检查这个代码。

然而，kNNImpute的程序流程似乎是

[4]  # run a (seemingly undefined) screening function
[8]  # pull in the missing rows for later imputation
[24] # run imputation function
[48] # based on line [4] output, impute all "error rows"  == 0

有人能解释为什么会发生这种情况和/或如何解决这个问题吗？

仅供参考-我已通过电子邮件向包作者发送了此页面的链接。

Answer 1

解决方案：我使用了与kNNImpute()函数相同的代码来估算4个不正确的估算值。

impute.fn <- function(scores, distances, raw_dist) {
  knn.values <- scores[c(as.integer(names(distances)))]
  knn.weights <- 1 - (distances / max(raw_dist))
  weighted.mean(knn.values, knn.weights)
}
# impute errors - rows 41-44 are improperly imputed 
  # rows 1-30 have non missing avlues
#---------------------------------------------------------
x.dist <- as.matrix(dist(x))
dist_41 <- x.dist[41, c(1:30)][order(x.dist[41, c(1:30)])]
...
# fix impute - column 1
x$ABC[41] <- impute.fn(x$ABC, dist_41[1:5], dist_41)
...

如果包作者（或其他人）给出适当的答复，我们将不胜感激。

注意：我已经为wKNN重新编写了imputation包。改进的包可以在这里找到：imputaton