R 热图.2 (gplots) 访问登基图数据

Question

在R中，我使用heatmap.2（来自gplots包）来聚类和可视化一些数据。

我想访问树状图列（集群）以进一步操作我的数据。

例如：

x = matrix(runif(250), nrow= 50) h = heatmap.2(x)
h$colDendrogram 
'dendrogram' with 2 branches and 5 members total, at height 3.033438

有没有办法知道属于第一个分支的列的索引和那些属于第二个的（以自动的方式;当然在这个简单的我可能只看 x 轴上的标签）。

此外，我如何访问其他子分支？

Answer 1

可以使用

as.hclust（）函数并将结果对象视为R hclust对象。

对于问题中提出的特定情况，这是访问列树状图的方式：

colhclust = as.hclust(h$colDendrogram)
groups = cutree(cl,2)

组

是包含每列的组的向量;

id_g1 = which(groups == 1)

包含属于第一个分支的项的索引。