循环调用 r cor.test() 没有输出

Question

我正在尝试在循环中使用cor.test() r函数，但我无法完全将其设置为"函数"。我可以单独调用这些项目，但我更喜欢使用循环。

我的代码选择如下所示：

hNames= scan(fileName, nlines = 1, what = character(), sep = ',')
mydata = read.table(fileName, header = TRUE, sep = ',')
names = c(hNames[2:length(hNames)])
for (i in names(mydata[2:length(mydata)]))
{
        for (j in names(mydata[2:length(mydata)]))
        {cor.test(mydata[[i]], mydata[[j]], method='spearman')}
}

这

不起作用（没有输出），但是，这确实：

cor.test(mydata$Bacteroidetes, mydata$Actinobacteria, method = 'spearman')

我已经尝试了循环的几种变体，但我一直得到一个错误，说"x"（或"y"）必须是数字向量。

我的数据

看起来像这样（打印（我的数据））

PHYLUM Actino Bacter ...Tenericutes
x1     25       45    ...8
x1     26       42    ...8
x2     40       43    ...7
x2     42       41    ...5
x2     40       41    ...5

或以其原始格式：

PHYLUM,Actinobacteria,Bacteroidetes,...Tenericutes
x1,25,45,...8
x1,26,42,...8
x2,40,43,...7
x2,42,41,...5
x2,40,41,...5

我

做错了什么，我该如何更改它，因为代码会产生一些输出？

谢谢你。

Answer 1

用打印将你的调用包围起来。