使用argparse用于文件名输入

Question

嗨，我正在尝试将argparse用于命令行输入文件名，但我正在努力使其正常工作。

我想取一个从命令行（-d）传递的字符串，该字符串对应于文件名（datbase.csv）并将其存储在变量inputargs.snp_database_location中。

这被视为我的load_search_snaps函数的输入，如下面的代码所示，该功能打开文件并执行内容（伪代码）。

    import csv, sys, argparse
    parser = argparse.ArgumentParser(description='Search a list of variants against the in house database')
    parser.add_argument('-d', '--database',
        action='store',
        dest='snp_database_location',
        type=str,
        nargs=1,
        help='File location for the in house variant database',
        default='Error: Database location must be specified')
    inputargs = parser.parse_args()
    def load_search_snps(input_file):
        with open(input_file, 'r+') as varin:
            id_store_dictgroup = csv.DictReader(varin)
            #do things with id_store_dictgroup                                                                          
        return result
    load_search_snps(inputargs.snp_database_location)

使用bash中的命令：

python3 snp_freq_v1-0_export.py -d snpstocheck.csv

我尝试使用命令行从同一目录传递一个常规CSV文件时会出现以下错误：

文件" snp_freq_v1-0_export.py"，第33行，load_search_snps 使用打开（input_file，'r '）作为varin：typeError：无效文件：['snpstocheck.csv']

如果我从脚本内部喂食filepath，它可以很好地工作。据我所知，我得到了一个与文件名字符串相匹配的SNP_Database_Location的字符串，但随后我会收到错误。我错过的是类型错误？

Answer 1

nargs=1使inputargs.snp_database_location列表（一个元素），而不是字符串。

In [49]: import argparse
In [50]: parser = argparse.ArgumentParser()
In [51]: parser.add_argument('-d', nargs=1)
Out[51]: _StoreAction(option_strings=['-d'], dest='d', nargs=1, const=None, default=None, type=None, choices=None, help=None, metavar=None)
In [52]: args = parser.parse_args(['-d', 'snpstocheck.csv'])
In [53]: args.d
Out[53]: ['snpstocheck.csv']

要修复，删除nargs=1。