r - 将具有可变数量的元素的列表的嵌套列表平展到数据框



我有一个嵌套的列表列表,我想将其平展为带有id变量的数据帧,以便我知道每个列表元素(和子列表元素)来自哪些列表元素。

> str(gc_all)
List of 3
$ 1: num [1:102, 1:2] -74 -73.5 -73 -72.5 -71.9 ...
..- attr(*, "dimnames")=List of 2
.. ..$ : NULL
.. ..$ : chr [1:2] "lon" "lat"
$ 2: num [1:102, 1:2] -74 -73.3 -72.5 -71.8 -71 ...
..- attr(*, "dimnames")=List of 2
.. ..$ : NULL
.. ..$ : chr [1:2] "lon" "lat"
$ 3:List of 2
..$ : num [1:37, 1:2] -74 -74.4 -74.8 -75.3 -75.8 ...
.. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
.. .. ..$ : NULL
.. .. ..$ : chr [1:2] "lon" "lat"
..$ : num [1:65, 1:2] 180 169 163 158 154 ...
.. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
.. .. ..$ : NULL
.. .. ..$ : chr [1:2] "lon" "lat"

我以前使用过plyr::ldply(mylist, rbind)来展平列表,但由于列表长度可变,我似乎遇到了麻烦:一些列表元素只包含一个数据帧,而另一些则包含两个数据帧的列表。

我找到了一个笨拙的解决方案,使用两个lapply和一个这样的ifelse

# sample latitude-longitude data
df <- data.frame(source_lat = rep(40.7128, 3),
source_lon = rep(-74.0059, 3),
dest_lat = c(55.7982, 41.0082, -7.2575),
dest_lon = c(37.968, 28.9784, 112.7521),
id = 1:3)
# split into list
gc_list <- split(df, df$id)
# get great circles between lat-lon for each id; multiple list elements are outputted when the great circle crosses the dateline
gc_all <- lapply(gc_list, function(x) {
geosphere::gcIntermediate(x[, c("source_lon", "source_lat")],
x[, c("dest_lon", "dest_lat")],
n = 100, addStartEnd=TRUE, breakAtDateLine=TRUE)
})
gc_fortified <- lapply(1:length(gc_all), function(i) {
if(class(gc_all[[i]]) == "list") {
lapply(1:length(gc_all[[i]]), function(j) {
data.frame(gc_all[[i]][[j]], id = i, section = j)
}) %>%
plyr::rbind.fill()
} else {
data.frame(gc_all[[i]], id = i, section = 1)
}
}) %>%
plyr::rbind.fill()

但我觉得必须有一个更优雅的解决方案,可以作为单行,例如dputdata.table

以下是我希望输出的样子:

> gc_fortified %>% 
group_by(id, section) %>%
slice(1)
lon      lat    id section
<dbl>    <dbl> <int>   <dbl>
1 -74.0059 40.71280     1       1
2 -74.0059 40.71280     2       1
3 -74.0059 40.71280     3       1
4 180.0000 79.70115     3       2

我想我更喜欢已经显示的递归解决方案,但这是do.call("rbind", ...)形式的一个语句,如果您替换Ladd_n_s到最后一行。 我在这里将它们分开只是为了清楚起见。

我将结果保留为矩阵,因为结果完全是数字,我怀疑不是您更喜欢数据框,而是rbind.fill对它们起作用,这就是您使用的。 如果您希望数据框结果,请将add_n_s函数中的cbind替换为data.frame

不使用任何包,并且解决方案不使用任何索引。

在这里,gc_all被转换为相同的L,只是它是一个列表列表,而不是矩阵和列表的混合列表。add_n_s采用L元素,并向其添加ns列。 最后,我们将add_n_s映射到L并展平。

请注意,如果输入首先是列表列表,则L将等于gc_all并且不需要第一行。

L <- lapply(gc_all, function(x) if (is.list(x)) x else list(x))
add_n_s <- function(x, n) Map(cbind, x, n = n, s = seq_along(x))
do.call("rbind", do.call("c", Map(add_n_s, L, seq_along(gc_all))))

更新已修复。

首先,列表的结构需要重新设计,使其成为列表的常规列表,然后我们使用.id参数应用map_dfr两次。

library(purrr)
gc_all_df  <- map(map_if(gc_all,~class(.x)=="matrix",list),~map(.x,as.data.frame))
map_dfr(gc_all_df,~map_dfr(.x,identity,.id="id2"),identity,.id="id1")

我不能提供单行,但你也可以在这里考虑递归

flat <- function(l, s = NULL) {
lapply(1:length(l), function(i) {
if (is.list(l[[i]])) {
do.call(rbind, flat(l[[i]], i))
} else {
cbind(l[[i]], id = if (is.null(s)) i else s, section = if (is.null(s)) 1 else i)
}
})
}
a <- do.call(rbind, flat(gc_all))
all.equal(data.frame(a), gc_fortified)
[1] TRUE

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