在 R 中对安捷伦微阵列芯片数据应用 VSN 归一化方法

Question

我正在使用单通道安捷伦微阵列芯片数据进行基因表达，在阅读原始数据后，我想使用 VSN 或 vsnrma 归一化方法对其进行标准化。这是我应用的代码-

 targets<-readTargets("Targets.txt",sep="")
 x <- read.maimages(targets$FileName, source="agilent.median", green.only=TRUE)
 y <- normalizeBetweenArrays(x, method="vsn")

但是在运行第 3 行后，我收到此错误消息-

Error in normalizeBetweenArrays(x, method = "vsn") : 
vsn method no longer supported. Please use normalizeVSN instead.

知道这意味着什么，我该如何解决这个问题吗？提前谢谢。

Answer 1

有一个

独立的函数。使用以下代码：

y <- normalizeVSN(x)