将 Rcpp 与 C 代码链接，以实现自适应城域拒绝采样

Question

我想使用自适应大都市拒绝采样（AMRS）进行吉布斯采样。我可以直接在 R 中使用包HI并使用算法。但是，由于我的参数太多，因此在 R 中的循环中逐个采样相当慢。所以我正在考虑用 Rcpp 编写整个采样部分。问题是如何在 Rcpp 中使用 AMRS 函数。一种选择是找到一种方法在 Rcpp 中使用 R 函数，但它会很慢。然后我在页面中找到了原始的 C 代码

[1]： AMRS http://www1.maths.leeds.ac.uk/~wally.gilks/adaptive.rejection/web_page/Welcome.html

所以问题变成了如何将 C 代码与 Rcpp 集成。当我搜索"在C++中调用 C"时，这些都是关于首先编译 C，然后是C++，然后是链接。但是我不知道如何在 Rcpp 中做到这一点，因为编译发生在我使用 SourceCpp 时。任何人都可以给我一些如何实现这一目标的建议？

Answer 1

看看HI如何在他们的包中实现 C 代码。

具体来说，您应该实现自己的版本：

SEXP arms(SEXP bounds, SEXP myldens, SEXP yprev, SEXP size, SEXP rho);

这是在 https://github.com/cran/HI/blob/master/src/arms-R.c#L86-L172

在这种情况下，应选择将 SEXP 对象替换为以下各项的相应Rcpp数据类型：

/* bounds      : boundaries of the support of the density */
/* myldens     : R function to evaluate log density */
/* yprev       : previous value from markov chain */
/* size        : number of sampled values to be obtained */
/* rho         : R environment in which the logdensity is evaluated */

注意：实现实际上应该基于包，而不是使用sourceCpp()