r语言 - limma 中的错误 - lmFit - chol2inv：'x'必须是方形数字矩阵

Question

我找不到答案，所以我正在发布解决方案，以防其他人遇到同样的问题。

使用Bioconductor的limma软件包，我遇到了以下错误：

> fit <- try(lmFit(matrix, design))
Error in chol2inv(fit$qr$qr, size = fit$qr$rank) : 
  'x' must be a square numeric matrix

这不是一个非常有用的错误消息，但问题很简单。"矩阵"的行名不能有任何重复项。检查这个

any(duplicated(rownames(matrix)))

并在必要时重命名行。

Answer 1

"矩阵"的行名不能有任何重复项。检查这个

any(duplicated(rownames(matrix)))

并在必要时重命名行。

Answer 2

limma 包lmFit()函数确实对基chol2inv函数进行了多次调用。

在我的 Windows R3.2.5 环境中更新一些软件包后，在将矩阵对象传递给 lmFit() 函数时，我这边发生了类似的错误。安装 R 版本 3.3.1（同样在 Windows 操作系统下）确实解决了这个问题：将矩阵对象传递给 lmFit() （Limma 3.26.9） 确实按预期返回了一个MArrayLM对象，没有来自 chol2inv 函数的"抱怨"。

升级到R 3.3.1"头发中的错误"可能会解决其他lmFit()问题。